โรงเรียนเนกขัมวิทยาเปิดทำการสอนครั้งแรกเมื่อวันที่ 16 พฤษภาคม 2527 จากนั้นปีการศึกษา 2538 โรงเรียนได้เปิดสอนในระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 4 เป็นปีแรก แผนการจัดชั้นเรียนมัธยมศึกษาตอนต้น   3 – 3 - 3  มัธยมศึกษาตอนปลาย  2 – 2 - 2 โรงเรียนเนกขัมวิทยา เป็นโรงเรียนมัธยมศึกษาประจำตำบล ได้รับประกาศจัดตั้งจากกระทรวงศึกษาธิการ เมื่อวันที่ 30 มีนาคม 2527 เปิดรับนักเรียนชั้น ม.1-6 ทั้งชายและหญิง ปัจจุบันมีนักเรียน 160 คน ครูและบุคลากรทางการศึกษา 17 คน นักการภารโรง 1 คน มีประวัติความเป็นมาดังนี้

ผู้ริเริ่มก่อตั้งโรงเรียนนี้คือ พระครูสังฆรักษ์ชุ่ม สัมปันโน อดีตเจ้าอาวาสวัดเนกขัมมาราม ท่านเล็งเห็นว่าการพัฒนาบุคคลเป็นสิ่งจำเป็นต่อการพัฒนาชาติ และการพัฒนาบุคลากรควรเริ่มที่เยาวชนก่อน เพราะจะเป็นกำลังสำคัญในการพัฒนาชาติบ้านเมืองสืบไปจึงได้ชักชวนกรรมการวัดและประชาชนช่วยกันจัดซื้อที่ดินเพื่อก่อสร้างโรงเรียนมัธยมศึกษาประจำตำบลขึ้นเพื่อให้โอกาสแก่เยาวชนในท้องถิ่นมีโอกาสได้รับการศึกษาสูงขึ้น หากไม่มีโรงเรียนมัธยมศึกษาประจำตำบลแล้ว ผู้มีโอกาสเรียนก็จะมีแต่เฉพาะครอบครัวที่มีฐานะเท่านั้น เพราะต้องเดินทางไปเรียนที่โรงเรียนประจำอำเภอ หรือโรงเรียนประจำจังหวัดโดยการเหมารถรับ-ส่งประจำ ซึ่งต้องเสียค่าใช้จ่ายสูง จะโดยสารรถประจำทางไม่สะดวกถึงแม้เขตท้องที่ (วัดเนกขัมมาราม) จะอยู่ห่างไกลจากอำเภอดำเนินสะดวกเพียง 10 กิโลเมตร และห่างจากจังหวัดราชบุรีเพียง 15 กิโลเมตร แต่ทางเป็นถนนลูกรังที่ขรุขระ มีรถโดยสารน้อย ตอนเย็นรถโดยสารจะหยุดวิ่งเวลาประมาณ 15.30 น. พระครูสังฆรักษ์ชุ่ม สัมปันโน และประชาชนเห็นความลำบากในการศึกษาเล่าเรียนของลูกหลาน จึงได้เสนอเรื่องการจัดตั้งโรงเรียนมัธยมศึกษาไปยังกรมสามัญศึกษา  ในขณะนั้น 

ในปี พ.ศ. 2526 เจ้าหน้าที่จากกรมสามัญศึกษาได้ออกมาดูสถานที่ และสำรวจข้อมูลต่าง ๆ  ในการจัดตั้งโรงเรียนปรากฏว่าที่ดินที่จะให้สร้างโรงเรียนไม่เพียงพอ วัดจึงได้เจรจาขอซื้อที่ดินที่ติดต่อของวัดเพิ่มประมาณ 21 ไร่ เป็นเงิน 1 ล้านบาท  

สภาพโดยทั่วไปของชุมชนในเขตบริการของโรงเรียนส่วนใหญ่ตั้งอยู่ในพื้นที่ราบ อาชีพหลักของคนในชุมชน คือ รับจ้าง ทำสวนผลไม้ เนื่องจากพื้นที่เป็นที่ราบลุ่มเหมาะกับการทำสวนผลไม้ การศึกษาของผู้ปกครองนักเรียนประมาณ ร้อยละ 80 จบการศึกษาระดับมัธยมศึกษาตอนต้น อาชีพหลัก คือ รับจ้าง ทำงานตามโรงงานอุตสาหกรรมมะพร้าว ครอบครัวมีฐานะยากจนอันเนื่องมาจากสภาวะเศรษฐกิจในปัจจุบัน