Pemerintahan yang baik (good governance) merupakan isu dan cita-cita dalam sebuah pengelolaan administrasi publik dewasa ini. Tuntutan ini merupakan hal yang wajar dan sudah seharusnya direspon dan diwujudkan oleh Pemerintah dengan melakukan perubahan-perubahan yang terarah untuk mewujudkan pemerintahan yang baik. Sesuai dengan tugas pokoknya dalam penyelenggaraan tugas umum pemerintahan dan pembangunan secara baik, Pemerintah Provinsi Nusa Tenggara Timur berupaya mewujudkan optimalisasi siklus manajemen kepegawaian yang teratur dan terarah dalam upaya meningkatakan akuntabilitas dan mengoptimalisasikan proses penyelesaian tugas pokok dan fungsi secara berkesinambungan, terinci, terukur serta dapat dipertanggungjawabkan sesuai ketentuan yang berlaku.

Secara historis, Badan Kepegawaian Daerah Provinsi Nusa Tenggara Timur lahir sebagai konsekuensi pelaksanaan otonomi daerah dengan ditetapkannya Undang-Undang Nomor 32 tahun 2004 tentang Pemerintahan Daerah, dimana dalam salah satu pasalnya mengisyaratkan adanya kewenangan pelaksanaan manajemen kepegawaian daerah. Menindaklanjuti pelaksanaan otonomi daerah maka penataan organisasi perangkat daerah di lingkungan Pemerintah Provinsi Nusa Tenggara Timur yang menempatkan fungsi manajemen kepegawaian yang semula dilaksanakan oleh Biro Kepegawaian Daerah Sekretariat Daerah Provinsi Nusa Tenggara Timur, dialihkan menjadi lembaga tersendiri yang melaksanakan fungsi manajemen kepegawaian yaitu Badan Kepegawaian Daerah.

Oleh karena itu, pada tahun 2013, berdasarkan Peraturan Pemerintah Nomor 41 tahun 2007 tentang Organisasi Perangkat Daerah dan Peraturan Meneteri Dalam Negeri Nomor 57 tahun 2007 yang ditindaklanjuti dengan Peraturan Daerah Provinsi Nusa Tenggara Timur Nomor 12 Tahun 2013 tentang Perubahan atas Peraturan Daerah Provinsi Nusa Tenggara Timur Nomor 11 Tahun 2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Inspektorat, Bappeda dan Lembaga Teknis Daerah Provinsi Nusa Tenggara Timur dibentuklah Badan Kepegawaian Daerah sebagai salah satu lembaga Perangkat Daerah Provinsi Nusa Tenggara Timur yang menempati kantor di Jalan Raya El Tari No. 52 Kupang. Selanjutnya pengisian jabatan-jabatan diawali pada tanggal 31 Desember 2013, yaitu dilantiknya EMANUEL KARA, SH sebagai Kepala Badan Kepegawaian Daerah Provinsi Nusa Tenggara Timur yang pertama. (Susunan dan Struktur Organisasi terlampir).

Sebagai lembaga baru yang mengemban amanat sebagai pengelola manajemen kepegawaian daerah, Badan Kepegawaian Daerah menata diri dengan melakukan penataan diri baik dari segi sistem, personil, maupun pelayanannya dengan mengacu pada visi dan misinya yang telah ditetapkan dan dijabarkan dalam program-program kerjanya.