โครงสร้างการบริหารโรงเรียนบ้านพระพุทธบาทประสาธน์วิทย์ มีลักษณะการบริหารในรูปแบบ “การบริหารแบบมีส่วนร่วม” โดยมุ่งเน้นให้บุคลากรทุกฝ่ายมีบทบาทในการพัฒนาคุณภาพการศึกษา ภายใต้กรอบกฎหมายและระเบียบของกระทรวงศึกษาธิการ โดยมีโครงสร้างการบริหารหลัก ดังนี้

1. ผู้บริหารสถานศึกษา  ทำหน้าที่บริหารจัดการงานด้านวิชาการ งบประมาณ บุคคล และบริหารทั่วไป เป็นผู้นำด้านนโยบาย วางแผน กำกับ ติดตาม และประเมินผลการดำเนินงานส่งเสริมการมีส่วนร่วมของครู บุคลากร ผู้ปกครอง และชุมชน

2. คณะครูและบุคลากรทางการศึกษา  แบ่งออกเป็น 4 กลุ่มงานหลัก ตามแนวทางของกระทรวงศึกษาธิการ ได้แก่:

     กลุ่มบริหารวิชาการ  รับผิดชอบงานหลักสูตร การจัดการเรียนการสอน การวัดและประเมินผล การวิจัยในชั้นเรียน และการส่งเสริมคุณภาพผู้เรียน
    กลุ่มบริหารงบประมาณ  ดูแลด้านงบประมาณ การพัสดุ การเงิน และทรัพย์สิน
    กลุ่มบริหารบุคคล  ดูแลการพัฒนาครู การประเมินผลการปฏิบัติงาน การจัดทำวิทยฐานะ และการพัฒนาอย่างต่อเนื่องของบุคลากร

     กลุ่มบริหารทั่วไป  รับผิดชอบงานธุรการ งานอาคารสถานที่ งานโภชนาการนักเรียน งานกิจกรรมพิเศษ และความปลอดภัยในโรงเรียน
3. คณะกรรมการสถานศึกษา  ทำหน้าที่กำกับ ดูแล และให้คำปรึกษาด้านการจัดการศึกษา เป็นตัวแทนของผู้ปกครอง ชุมชน และองค์กรท้องถิ่น เพื่อส่งเสริมการมีส่วนร่วม
4. นักเรียน  ได้รับการส่งเสริมให้มีส่วนร่วมในการจัดกิจกรรม เช่น สภานักเรียน ชุมนุม และกิจกรรมพัฒนาผู้เรียน เพื่อสร้างภาวะผู้นำและความรับผิดชอบ

อำนาจหน้าที่ของสถานศึกษาขั้นพื้นฐาน โรงเรียนบ้านพระพุทธบาทประสาธน์วิทย์ เป็นไปตามพระราชบัญญัติการศึกษาแห่งชาติ พ.ศ. 2542 และฉบับแก้ไขเพิ่มเติม รวมทั้งแนวนโยบายของกระทรวงศึกษาธิการ และสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน (สพฐ.) โดยสามารถอธิบายได้ดังนี้:

อำนาจหน้าที่ของสถานศึกษาขั้นพื้นฐาน

   1. การจัดการเรียนรู้ จัดการศึกษาในระดับปฐมวัย และประถมศึกษาตามหลักสูตรแกนกลางการศึกษาขั้นพื้นฐาน  พัฒนาหลักสูตรสถานศึกษาให้เหมาะสมกับบริบทของผู้เรียน ชุมชน และสังคม  จัดกิจกรรมส่งเสริมคุณธรรม จริยธรรม ความเป็นไทย และทักษะในศตวรรษที่ 21
    2. การบริหารและพัฒนาบุคลากร  แต่งตั้ง จัดสรรงาน พัฒนา และประเมินผลครูและบุคลากรทางการศึกษา  ส่งเสริมการพัฒนาวิชาชีพอย่างต่อเนื่อง เช่น การอบรม การวิจัยในชั้นเรียน การศึกษาต่อ จัดสวัสดิการ ส่งเสริมขวัญกำลังใจ และความมั่นคงในการทำงาน
    3. การบริหารงบประมาณและทรัพยากร  จัดทำแผนงบประมาณรายปีของโรงเรียน จัดซื้อ จัดจ้าง และควบคุมการใช้วัสดุ ครุภัณฑ์ และทรัพย์สินให้โปร่งใสตรวจสอบได้ ใช้ทรัพยากรอย่างมีประสิทธิภาพ เพื่อประโยชน์ทางการเรียนรู้สูงสุด
    4. การบริหารทั่วไป ดูแลด้านอาคารสถานที่ ความปลอดภัย สิ่งแวดล้อม และบริการพื้นฐานของนักเรียน
จัดระบบงานธุรการ การสื่อสาร และข้อมูลสารสนเทศเพื่อการบริหารงาน ให้บริการนักเรียน เช่น อาหารกลางวัน การพยาบาล การให้คำปรึกษา
    5. การประเมินและประกันคุณภาพการศึกษา ประเมินตนเอง (SAR) และเตรียมความพร้อมในการประเมินจากภายนอก นำผลการประเมินไปใช้ในการปรับปรุงการจัดการศึกษา  สร้างระบบประกันคุณภาพที่ต่อเนื่องและยั่งยืน
    6. การส่งเสริมความร่วมมือและชุมชนสัมพันธ์ ทำงานร่วมกับคณะกรรมการสถานศึกษา ผู้ปกครอง องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น และภาคีเครือข่าย เปิดโอกาสให้ชุมชนเข้ามามีส่วนร่วมในการจัดการศึกษา  ส่งเสริมการเรียนรู้ตลอดชีวิตในชุมชน