โรงเรียนบรรหารแจ่มใสวิทยา ๒ (วัดลาดหอย) ได้รับอนุมัติให้จัดตั้งขึ้น เมื่อวันที่ ๑ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๕๑๔ ตามพระราชบัญญัติประถมศึกษา พุทธศักราช ๒๕๐๓ เป็นโรงเรียนประชาบาลประเภทนายอำเภอจัดตั้ง โดยได้อาศัยศาลาการเปรียญวัดลาดหอยเป็นสถานที่เรียน มีนักเรียนจำนวน ๕๕ คน ครู ๒ คน คือ นายทับทิม ประทีปทอง ครูตรีโรงเรียนวัดสวนหงส์ มาช่วยราชการในตำแหน่งครูใหญ่ และนายอัมพันธุ์ จิบสมานบุญ ครูตรีโรงเรียนวัดบ้านหมี่ โดยเปิดทำการสอนชั้นประถมศึกษาปีที่ ๑ และ ๒

ต่อมา นายบรรหาร ศิลปอาชา และนางแจ่มใส ศิลปอาชา ได้มาก่อสร้างอาคารเรียนถาวร แบบ ๐๑๗ จำนวน ๑ หลัง ๔ ห้องเรียน ในพื้นที่ดินวัดลาดหอย โดยได้ทำการวางศิลาฤกษ์ เมื่อวันที่ ๑๔ สิงหาคม พ.ศ. ๒๕๑๔ ซึ่งตรงกับวันคล้ายวันเกิดของนายบรรหาร ศิลปอาชา ซึ่งมีนายสวัสดิ์ มีเพียร ผู้ว่าราชการจังหวัดสุพรรณบุรี เป็นประธานในพิธี และได้ทำการก่อสร้าง โรงอาหาร ห้องน้ำ ป้ายชื่อโรงเรียน เสาธงชาติ ทำพิธีเปิดเมื่อวันที่ ๒๐ เมษายน พ.ศ. ๒๕๑๔ ใช้ชื่อว่า “ โรงเรียนบรรหารแจ่มใสวิทยา ๒ ” เลขที่ สพ. ๒๑๙

ปีการศึกษา ๒๕๑๕ ได้เปิดทำการสอนถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ ๔ โยกย้ายนักเรียนจากโรงเรียนวัดสวนหงส์มาเข้าเรียน

ปีการศึกษา ๒๕๑๙ เปิดทำการสอนถึงระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ ๗

ปีการศึกษา ๒๕๒๓ ได้โอนจากสังกัดองค์การบริหารส่วนจังหวัดสุพรรณบุรี มาสังกัดสำนักงานคณะกรรมการการประถมศึกษาแห่งชาติ กระทรวงศึกษาธิการ

ปีการศึกษา ๒๕๔๒ ได้มาสังกัดสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน กระทรวงศึกษาธิการ