จัดตั้งเมื่อวันที่ ๑ พฤษภาคม พ.ศ.๒๕๓๒ โดยมีนายวาย ห่อทอง และนายคำ กล้วยทอง ผู้ใหญ่บ้านในขณะนั้น พร้อมราษฏรได้สร้างอาคารเรียนชั่วคราวขึ้นเพื่อเป็นสาขาของ รร.บ้านอาโพน และได้ทำหนังสือร้องขอไปยัง กองกำกับการตำรวจตระเวนชายแดนที่ ๒๑ ให้มาจัดตั้งโรงเรียนและจัดครูตำรวจตระเวนชายแดนมาดำเนินการสอนนักเรียนในหมู่บ้าน กองกำกับการตำรวจตระเวนชายแดนที่ ๒๑ ได้ส่งเรื่องต่อไปยังกองบัญชาการตำรวจตระเวนชายแดน เพื่อขออนุมัติจัดตั้งโรงเรียน พร้อมกับส่งตำรวจตระเวนชายแดนมาทำหน้าที่ครู จำนวน ๖ นาย โดยมี สิบตำรวจเอกสิทธิชัย นุตะดี ทำหน้าที่ครูใหญ่
สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯสยามบรมราชกุมารี เสด็จพระราชดำเนินทรงเยี่ยม และติดตามงานในโครงการพระราชดำริ ในโรงเรียนตำรวจตระเวนชายแดนบ้านชำปะโต รวม ๖ ครั้ง ดังนี้
ครั้งที่ ๑ เมื่อวันที่ ๑๗ เมษายน ๒๕๓๖
๒ เมื่อวันที่ ๑๘ กันยายน ๒๕๔๓
๓ เมื่อวันที่ ๑๒ กันยายน ๒๕๔๙
๔ เมื่อวันที่ ๙ กุมภาพันธ์ ๒๕๕๔
๕ เมื่อวันที่ ๑๒ พฤษภาคม ๒๕๕๙
๖ เมื่อวันที่ ๙ กรกฎาคม ๒๕๖๔ (ผ่านสื่ออิเล็กทรอนิกส์ออนไลน์)
ปัจจุบันโรงเรียนตำรวจตระเวนชายแดนบ้านชำปะโต เปิดทำการเรียนการสอนตั้งแต่ชั้นเด็กเล็กถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ ๖ มีนักเรียนทั้งสิ้น ๑๔๒ คน ชาย ๘๐ คน หญิง ๗๒ คน มีพื้นที่ทั้งหมด ๒๑ ไร่ ๑ งาน ๕๔ ตารางวา มีตำรวจตระเวนชายแดนปฏิบัติหน้าที่ครูผู้สอน จำนวน ๙ นาย ครูผู้ดูแลเด็กเล็ก ๑ คน ครูคู่พัฒนา ๑ คน โดยมี พ.ต.ต.ครรชิต พูนวิเชียร ทำหน้าที่ครูใหญ่