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Research papers

International Journals

  • Heewon Jung, Jonghwan Choi, Jiwoo Park and Jaegyoon Ahn, "A Novel Machine Learning Model for Identifying Patient-Specific Cancer Driver Genes", IEEE Access, May, 2022 (IF 3.367, JCR 65.568)

  • Pil Soo Sung, Dong Jun Park, Pu Reun Roh, Kyoung Do Mun, Sung Woo Cho, Gil Won Lee, Eun Sun Jung, Sung Hak Lee, Jeong Won Jang, Si Hyun Bae, Jong Young Choi. Jonghwan Choi, Jaegyoon Ahn, Seung Kew Yoon, "Intrahepatic inflammatory IgA+PD-L1 high monocytes in hepatocellular carcinoma development and immunotherapy", Journal of ImmunoTherapy of Cancer, April, 2022 (IF 13.751, JCR 95.052)

  • Sangmin Seo, Jonghwan Choi, Sanghyun Park and Jaegyoon Ahn, "Binding affinity prediction for protein-ligand complex using deep attention mechanism based on intermolecular interactions", BMC Bioinformatics, November, 2021 (IF 3.242, JCR 84.746)

  • Seung-A Baek, Kil Won Kim, Ja Ock Kim, Tae Jin Kim, Soon Kil Ahn, Jaekyuk Choi, Jinho Kim, Jaegyoon Ahn, Jae Kwang Kim, "Metabolic profiling reveals an increase in stress-related metabolites in Arabidopsis thaliana exposed to honeybees", J Appl Biol Chem, June, 2021 (Scopus)

  • ChangHyuk Kwon, Sangjin Park, Soohyun Ko and Jaegyoon Ahn, "Increasing prediction accuracy of pathogenic staging by sample augmentation with a GAN", Plos One, April, 2021 (IF 2.74, JCR 38.028)

  • Chihyun Park, Ilhwan Oh, Jonghwan Choi, Soohyun Ko and Jaegyoon Ahn, "Improved Prediction of Cancer Outcome Using Graph-Embedded Generative Adversarial Networks", IEEE Access, Jan, 2021 (IF 3.745, JCR 77.885)

  • Soohyun Ko, Jonghwan Choi and Jaegyoon Ahn, "GVES: machine learning model for identification of prognostic genes with a small dataset", Scientific Reports, Jan, 2021 (IF 4.122, JCR 83.031)

  • Jonghwan Choi, Sanghyun Park and Jaegyoon Ahn, "RefDNN: a reference drug based neural network for more accurate prediction of anticancer drug resistance", Scientific Reports, Feb, 2020 (IF 4.122, JCR 83.031)

  • Geonhee Lee, Chihyun Park and Jaegyoon Ahn, "Novel deep learning model for more accurate prediction of drug-drug interaction effects", BMC Bioinformatics, August, 2019 (IF: 2.213)

  • Seung‑A Baek, Soon Kil Ahn, Kil Won Kim, Jaehyuk Choi, Jinho Kim, Jaegyoon Ahn, Sun‑Hwa Ha, Sang Un Park and Jae Kwang Kim, "Metabolic profiling reveals glucose and fructose accumulation in gcr1 knock‑out mutant of Arabidopsis", Appl. Biol. Chem., April, 2019 (IF: 0.206)

  • Jaegyoon Ahn, Junhyeok Choi, Harrim Kim and Jibum Kim, "RN+: A Novel biclustering algorithm for analysis of gene expression data using protein-protein interaction network", Journal of Computational Biology, May, 2019 (IF: 1.191, JCR 59.756)

  • ChangHyuk Kwon, Jason Kim and Jaegyoon Ahn, "DockerBIO: web application for efficient use of bioinformatics Docker images", PeerJ, November, 2018 (IF: 2.118, JCR 71.094)

  • Giup Jang, Taekeon Lee, Soyoun Hwang, Chihyun Park, Jaegyoon Ahn, Sukyung Seo, Youhyeon Hwang, Youngmi Yoon, "PISTON: Predicting drug indications and side effects using topic modeling and natural language processing", Journal of Biomedical Informatics, November, 2018 (IF: 2.753, JCR 74)

  • Minseon Kim, Ilhwan Oh and Jaegyoon Ahn, "Improved method for prediction of cancer prognosis by network learning", Genes, October, 2018 (IF 3.191, JCR 60.526)

  • Jonghwan Choi, Ilhwan Oh, Sangmin Seo and Jaegyoon Ahn, "G2Vec: Distributed gene representations for identification of cancer prognostic genes", Scientific Reports, September, 2018 (IF 4.122, JCR 83.031)

  • Samuel E Harvey, Yilin Xu, Xiaodan Lin, Xin D Gao, Yushan Qiu, Jaegyoon Ahn, Xinshu Xiao and Chonghui Cheng, "Co-regulation of alternative splicing by hnRNPM and ESRP1 during EMT", RNA, July, 2018 (IF4.49, JCR 79.623)

  • Sangmin Seo, Jonghwan Choi, Soon Kil Ahn, Kil Won Kim, Jaekwang Kim, Jaehyuck Choi, Jinho Kim and Jaegyoon Ahn, "Prediction of GPCR-ligand binding using machine learning algorithms", Computational and Mathematical Methods in Medicine, Volume 2018 (2018), Article ID 6565241, 30 January, 2018 (IF 0.950, JCR 23.684)

  • Jonghwan Choi, Sanghyun Park, Youngmi Yoon and Jaegyoon Ahn, “Improved prediction of breast cancer outcome by identifying heterogeneous biomarkers”, Bioinformatics, 33(22), 3619-3626, 15 November 2017 (IF 7.307, JCR 97.368)

  • Chihyun Park, Youngmi Yoon, Min Oh, Seok Jong Yu, Jaegyoon Ahn, "Systematic identification of differential gene network to elucidate Alzheimer's disease", Expert Systems with Applications, 85, November(1), 2017 (IF 3.928, JCR 96.988)

  • Youhyeon Hwang, Min Oh, Giup Jang, Taekeon Lee, Chihyun Park, Jaegyoon Ahn and Youngmi Yoon, "Identifying the common genetic networks of ADR (adverse drug reaction) clusters and developing an ADR classification model", Molecular Biosystems, 13(9), Aug(22), 2017 (IF 2.781, JCR 49.825)

  • Min Oh, Jaegyoon Ahn, Taekeon Lee, Giup Jang, Chihyun Park and Youngmi Yoon, "Drug voyager: a computational platform for exploring unintended drug action", BMC Bioinformatics, 18(131), Febraury, 2017 (IF 2.435, JCR 83.333)

  • Jaegyoon Ahn and Xinshu Xiao, "RASER: reads aligner for SNPs and editing sites of RNA", Bioinformatics, 31(24), December, 2015. (IF 5.766, JCR 95.536)

  • Amruta Bhate, Darren J. Parker, Thomas W. Bebee, Jaegyoon Ahn, Waqar Arif, Edrees H. Rashan, Sandip Chorghade, Anthony Chau, Jae-Hyung Lee, Sayeepriyadarshini Anakk, Russ P. Carstens, Xinshu Xiao and Auinash Kalsotra, "ESRP2 controls an adult splicing programme in hepatocytes to support postnatal liver maturation", Nature Communications, 6:8768, November, 2015. (IF 11.329, JCR 96.032)

  • Hyunjin Kim, Youngmi Yoon, Jaegyoon Ahn, Sanghyun Park, "A literature-driven method to calculate similarities among diseases", Computer Methods and Programs in Biomedicine, 122(2), November, 2015. (IF 1.862, JCR 85.238)

  • Jae Hoon Bahn, Jaegyoon Ahn (Joint first author), Xianzhi Lin, Qing Zhang, Jae-Hyung Lee, Mete Civelek and Xinshu Xiao, "Genomic analysis of ADAR1 binding and its involvement in multiple RNA processing pathways", Nature Communications, 6:6355, March, 2015. (IF 11.329)

  • Min Oh, Jaegyoon Ahn, Youngmi Yoon, "A Network-Based Classification Model for Deriving Novel Drug-Disease Associations and Assessing Their Molecular Actions", Plos One, 9(10), October, 2014. (IF 3.057)

  • Yilin Xu, Xin D. Gao, Jae-Hyung Lee, Huilin Huang, Haiyan Tan, Jaegyoon Ahn, Lauren M. Reinke, Marcus E. Peter, Yue Feng, David Gius, Kalliopi Siziopikou, Junmin Peng, Xinshu Xiao, Chonghui Cheng, "Cell type-restricted activity of hnRNPM promotes breast cancer metastasis via regulating alternative splicing", Genes and Development, 28(11), May, 2014. (IF 10.042)

  • Chihyun Park, Jaegyoon Ahn, Hyunjin Kim, Sanghyun Park, "Integrative Gene Network Construction to Analyze Cancer Recurrence using Semi-Supervised Learning", Plos One, 9(1), January, 2014. (IF 3.057)

  • Jaegyoon Ahn, Youngmi Yoon, Yunku Yeu, Hookuen Lee, Sanghyun Park, "Impact of TGF-b on Breast Cancer from a Quantitative Proteomic Analysis", Computers in Biology and Medicine, 43(12), December, 2013. (IF 1.521)

  • Hyunjin Kim, Jaegyoon Ahn, Chihyun Park, Youngmi Yoon, Yunku Yeu, Sanghyun Park, "ICP: A Novel Approach to Predict Prognosis of Prostate Cancer with Inner-class Clustering of Gene Expression Data", Computers in Biology and Medicine, 43(10), October, 2013. (IF 1.521)

  • Jaegyoon Ahn, Dae Hyun Lee, Youngmi Yoon, Yunku Yeu, Sanghyun Park, "Improved method for protein complex detection using bottleneck proteins", BMC Medical Informatics & Decision Making, 13(suppl1), February, 2013. (IF 2.042)

  • Chihyun Park, Jaegyoon Ahn (Joint first author), Youngmi Yoon, Sanghyun Park, "Identification of functional CNV region networks using a CNV-gene mapping algorithm in a genome-wide scale", Bioinformatics, 28(15), August, 2012. (IF 5.766)

  • Jaegyoon Ahn, Youngmi Yoon, Chihyun Park, Sanghyun Park, "CNV Detection Method Optimized for High Resolution arrayCGH by Normality Test", Computers in Biology and Medicine, 42(4), April, 2012.

  • Eunji Shin, Youngmi Yoon, Jaegyoon Ahn, Sanghyun Park, "TC-VGC: A Tumor Classification System using Variations in Genes’ Correlation", Computer Methods and Programs in Biomedicine, 104(3), December, 2011.

  • Chihyun Park, Jaegyoon Ahn, Youngmi Yoon, Sanghyun Park, "A Multi-sample based Method for Identifying Common CNVs in Normal Human Genomic Structure using High-resolution aCGH Data", PLos One, 6(10), October, 2011.

  • Jaegyoon Ahn, Youngmi Yoon, Chihyun Park, Eunji Shin, Sanghyun Park, "Integrative Gene Network Construction for Predicting a Set of Complementary Prostate Cancer Genes", Bioinformatics, 27(13), July, 2011.

  • Jaegyoon Ahn, Youngmi Yoon, Sanghyun Park, "Noise-robust algorithm for identifying functionally associated biclusters from gene expression data", Information Sciences, 181(3), February, 2011.


Domestic Journals

  • 정희원, 박지우, 안재균, "개인별 유전자 네트워크 구축 및 페이지 랭크를 이용한 환자 특이적 암 유발 유전자 탐색 방법", 한국정보처리학회, 2021년 12월.

  • 김현지, 안재균, "유전자 임베딩을 이용한 암 예후 예측 방법", 정보과학회, 2021년 7월.

  • 고수현, 박치현, 안재균, "딥러닝을 이용한 약물 화학 구조 예측", 정보과학회, 2021년 2월.

  • 서상민, 안재균, "딥러닝을 이용한 화합물-단백질 상호작용 예측", 정보과학회논문지, 2019년 10월.

  • 권창혁, 함인철, 백석철, 안재균, "유전자 앱을 만들 수 있는 유전자 앱 센터", 융복합지식학회논문지 (등재후보지), 2019년, 01월.

  • 권창혁, 김원호, 안재균, "NGSOne: 클라우드 기반의 유전체 (NGS) 데이터 분석 툴", Journal of Platform Technology (등재후보지), 2018년, 11월.

  • 최종환, 안재균, "페이지랭크를 이용한 암환자의 이질적인 예후 유전자 식별 및 예후 예측", 정보과학회논문지: 데이터베이스 45(1), 2018년, 1월.

  • 정성균, 안재균, 여윤구, 박상현, "기계학습과 품질 메트릭을 활용한 객체간 링크결합강도 분류에 관한 연구", KIPS Transactions on Software and Data Engineering, 2013년, 10월.

  • 박치현, 박상현, 김현진, 여윤구, 안재균, "암의 예후 예측을 위한 그래프 기반의 준지도 학습 방법", 정보과학회논문지:컴퓨팅의 실제 및 레터, 2013년, 2월.

  • 김현진, 안재균, 박상현, "유전자 발현량 차이를 이용한 네트워크 기반 질병 관련 유전자 탐색 기법", 데이터베이스연구, 2012년, 12월.

  • 안재균, 여윤구, 윤영미, 박상현, "단백질 상호작용 네트워크 및 유전자 발현값을 이용한 중복 허용 단백질 복합체 탐색 방법의 연구", 한국정보과학회논문지:데이터베이스, 2012년, 6월.

  • 여윤구, 박치현, 안재균, 박민서, 김판규, 박상현, "차세대 시퀀싱 리드를 위한 서열 정렬 알고리즘에 관한 비교 연구", 데이터베이스연구, 2012년, 4월.

  • 박치현, 안재균, 윤영미, 박상현, "단백질 상호작용 네트워크를 통한 유전체 단위반복변위와 트랜스유전자 발현과의 연관성 분석", 한국정보처리학회논문지D, 2011년, 4월.

  • 문명진, 박치현, 윤영미, 안재균, 박상현, "차세대 시퀀싱으로 생성된 페어드 엔드 리드를 이용한 CNV 발견 기법", 데이터베이스연구, 2009년 12월.

  • 안재균, 윤영미, 박상현, "유전자 발현 데이터에 적용한 거시적인 바이클러스터링 기법", 한국정보처리학회논문지D, 2009년, 6월.

  • 이동현, 안재균, 윤영미, 노홍찬, 박상현, "시간 기반 마이크로어레이에서 스케일링 및 쉬프팅 패턴을 찾는 새로운 방법", 데이터베이스연구, 2008년, 12월.


Patents

International Patents

  • Sanghyun Park, Hyunjin Kim, Jaegyoon Ahn, Chihyun Park, Youngmi Yoon, "Method for predicting prognosis of cancer", PCT/KR2015/000228 (applied on 2015-01-15)

  • Sanghyun Park, YooSun Kim, Jaegyoon Ahn, Eunji Shin, Hyunjin Kim, "Apparatus for generating E-Bbook contents and method thereof", PCT/KR2011/002722 (applied on 2011-04-15)

  • Sanghyun Park, Chihyun Park, Jaegyoon Ahn, Youngmi Yoon, "Copy number variations detecting apparatus and method", 12/712,161 (applied on 2010-02-24, U. S. A.)

  • Sanghyun Park, Jaegyoon Ahn, Eunji Shin, Youngmi Yoon, "Class label predicting apparatus and method", 12/712,162 (applied on 2010-02-24, U. S. A.)

Domestic Patents

  • 안재균, "합성곱 신경망을 기반으로 생성된 성격 유형 판단 모델 및 성향 분석 모델의 생성을 통해, 사용자 성격 유형을 판단하고, 성향을 분석할 수 있도록 지원하는 전자 장치 및 그 동작 방법", 10-2022-0065788 (applied on 2022-05-30)

  • 안재균, "인공지능 기반의 성격 유형 판단 모델 및 성향 분석 모델의 생성을 통해, 사용자 성격 유형을 판단하고, 성향을 분석할 수 있도록 지원하는 전자 장치 및 그 동작 방법", 10-2022-0064843 (applied on 2022-05-26)

  • 안재균, 고수현, "환자별 유전자 특성에 기초하여 암의 예후 예측에 활용할 바이오 마커를 선정하는 전자 장치 및 그 동작 방법", 10-2309002 (issued on 2021-09-29)

  • 안재균, 이건희, "두 약물 간의 혼용 효과를 예측하기 위한 인공지능 기반의 예측모델을 생성할 수 있는 전자 장치 및 그 동작 방법", 10-2299674 (issued on 2021-09-02)

  • 안재균, 최종환, "약물에 대한 저항성 여부의 예측 모델을 생성하는 전자 장치 및 그 동작 방법", 10-2273154 (issued on 2021-06-29)

  • 안재균, 오일환, "생성적 적대 신경망을 기초로 암의 예후 예측에 사용되는 바이오 마커의 선정이 가능한 전자 장치 및 그 동작 방법", 10-2188115 (issued on 2020-12-01)

  • 안재균, 최종환, "암에 따른 유전자 간의 상관관계에 기초하여 유전자 분산 표현을 위한 유전자 특징 벡터를 생성하는 전자 장치 및 그 동작 방법", 10-2188118 (issued on 2020-12-01)

  • 안재균, 정희원, "암 유발 유전자의 식별을 위한 전자 장치 및 그 동작 방법", 10-2020-0116606 (applied on 2020-09-11)

  • 안재균, 고수현, "기계학습 기반의 화학 물질 생성 모델을 기초로 신약 개발을 위한 화학 구조식을 생성하는 전자 장치 및 그 동작 방법", 10-2020-0105941 (applied on 2020-08-24), 기술이전 (UBLBio, 900만원)

  • 안재균, 서상민, "약물 효과 추정을 위한 기계학습 기반의 단백질-리간드 결합력 예측 모델 생성 장치 및 그 동작 방법", 10-2019-0147354 (applied on 2019-11-18), 기술이전 (UBLBio, 800만원)

  • 안재균, 고수현, "환자별 유전자 특성에 기초하여 암의 예후 예측에 활용할 바이오 마커를 선정하는 전자 장치 및 그 동작 방법", 10-2019-0138354 (applied on 2019-11-01)

  • 박상현, 박치현, 안재균, 최종환, 오일환, "유전자 네트워크 구축 장치 및 방법", 10-2034271 (issued on 2019-10-14, Korea)

  • 안재균, 이건희, "두 약물 간의 혼용 효과를 예측하기 위한 인공지능 기반의 예측모델을 생성할 수 있는 전자 장치 및 그 동작 방법", 10-2019-0125054 (applied on 2019-10-10)

  • 안재균, 최종환, "약물에 대한 저항성 여부의 예측 모델을 생성하는 전자 장치 및 그 동작 방법", 10-2019-0055615 (applied on 2019-05-13)

  • 안재균, 최종환, "암에 따른 유전자 간의 상관관계에 기초하여 유전자 분산 표현을 위한 유전자 특징 벡터를 생성하는 전자 장치 및 그 동작 방법", 10-2019-0043509 (applied on 2019-04-15)

  • 안재균, 오일환, "생성적 적대 신경망을 기초로 암의 예후 예측에 사용되는 바이오 마커의 선정이 가능한 전자 장치 및 그 동작 방법", 10-2019-0031623 (applied on 2019-03-20)

  • 박상현, 박치현, 안재균, 최종환, 오일환, "유전자 네트워크 구축 장치 및 방법", 10-2017-0169332 (applied on 2017-12-11, Korea)

  • 윤영미, 오민, 안재균, "네트워크 기반의 약제 효능 평가 장치 및 방법", 10-1776094 (issued on 2017-09-01, Korea)

  • 박상현, 김현진, 안재균, 박치현, 윤영미, "유전자 클래스 결정 방법", 10-1473341 (issued on 2014-12-10, Korea)

  • 박상현, 김정림, 안재균, 여윤구, 윤영미, "mRNA 발현값의 발현 차이를 이용하여 유전자 집합을 검출하기 위한 장치 및 그 방법", 10-2014-0058421 (applied on 2014-05-15, Korea)

  • 박상현, 안재균, 신은지, 윤영미, "클래스 레이블 예측 장치 및 방법", 10-1172490 (issued on 2012-08-02, Korea)

  • 박상현, 김유선, 안재균, 신은지, 김현진, "전자책 콘텐츠를 생성하기 위한 장치 및 그 방법", 10-2010-0030826 (applied on 2011-04-04, Korea)

  • 박상현, 안재균, 윤영미, "매크로 클러스터링 방법과 그 장치, 및 상기 방법을 구현하는 프로그램이 기록된 기록매체", 10-0987026 (issued on 2010-10-05, Korea)

  • 박상현, 안재균, 윤영미, "바이클러스터링 방법 및 장치", 10-0963764 (issued on 2010-06-07, Korea)

  • 박상현, 박치현, 안재균, 윤영미, "유전체단위반복변이 검출장치 및 방법", 10-2010-0015333 (applied on 2010-02-19, Korea)