הכל החל כטורניר לחימה שמטרתו לחפש אחר הלוחם הטוב ביותר בקרב כל תלמידי התיכון בקוריאה. מורי ג’ין, מומחה לטקוונדו ותלמיד תיכון, מבין במהרה שמשהו גדול בהרבה מתרחש מאחורי קלעי הטורניר.

הסיפור מתרחש בעתיד הרחוק. כדור הארץ נהרס ושארית האנושות עברה לגור במצודות ניידות הקרויות "פלנטיישן". אלו בפלנטיישן אשר נהפכים לטייסים גרים באזור המכונה "מיסטילטין", הידועה גם כ"כלוב הציפורים". הילדים בעיר הציפורים לא יודעים דבר על העולם החיצון או על השמים הכחולים, חייהם כוללים בעיקר את המאבק של ביצוע משימות. לטייסים יש אויבים: צורות חיים ענקיות ומסתוריות הידועות בשם "קיוריו", בהם הם נלחמים באמצעו ה"פראנקס", רובוטי קרב של הילדים. עבור הילדים הטסת פראנקס מוכיחה את עצם קיומם. ילד בשם הירו ("קוד:016") היה ידוע בעבר כילד פלא. ולמרות העבר הזוהר, הוא נכשל. כל קיומו נדמה היה מיותר. לא להטיס פראנקס שקול כלחדול מלהיות. יום אחד מופיעה לפניו ילדה מסתורית המכונה "אפס שתיים", ושתי קרניים צומחות מראשה.

הדרך היחידה לברוח מהמשחק היא 'לגמור' את המשחק. מוות משמעותו באמת 'מוות'. עשרת אלפים אנשים נכנסו למשחק המסתורי "אומנות החרב און-ליין" כשהם משתמשים בציוד העצבים שלהם, הם הוכרחו להשתתף במשחק המוות המסוכן הזה והם נלכדו בו. הדמות הראשית קיריטו, אחד מהמון שחקנים, קידם את פני 'האמת' הזו. כדי להגיע למצב של גמירת המשחק ועזיבת העולם הוירטואלי המעוות הזה, הוא חייב לעבור את כל מאה הקומות בטירת "אינקראד". האם לקיריטו יש את מה שצריך כדי לגמור את המשחק, או שהוא ימות בעודו מנסה זאת?

יש אנשים מסוימים שמסוגלים באמצעות כח קסום להמחיש את נשמותיהם כנשק ושליטה מעבר ליכולת הבנה רגילה. האנשים האלו ידועים כבלייזרים, אשר מוכרים ככאלו כשיכולים לעבור באקדמיות הכשרה בכדי להפוך לאבירי-מאגי איקי קורוגאנה הוא אביר-מאגי שאפתן, למרות שנשקל להיות התלמיד הגרוע ביותר באקדמית האגון בתור בלייזר ברמה הנמוכה ביותר. קרדיט על תזמון הפרויקט

העלילה מתרחשת בתקופה הפיאודלית ביפן (ואם לדייק מבחינה היסטורית – מאיזור המאה ה-12 לספירה עד לשנת 1868, תקופה שנחשבה ל"ימי הביניים" של יפן), תקופת סנגוקו – תקופה בה ישנם שליטים שונים של כפרים ושבטים שונים הנלחמים אחד בשני. אפשר לומר שהסמוראים עושים חיים קשים לפשוטי העם, בלשון המעטה. סמוראי בשם קאגמיטסו דאיגו (Kagemitsu Daigo) רואה את חלקת הארץ שלו במצב נוראי, כאשר בכפר שלו אין שום ייבול והקרקע גוססת. הוא יעשה הכל על מנת לצבור כוח, גם אם זה אומר להתכחש לבודהה (בודהיזם הייתה הדת השלטת באותה תקופה ביפן, והשינטו דיי נדחק הצידה) ולכרות ברית עם השדים. בעוד שאישתו כורעת ללדת, הוא הולך ל"היכל הגיהנום" (? – Hall of Hell) וכורת ברית עם שניים-עשר שדים, שיתנו לו כוח וייחיו מחדש את הארץ שלו, אך יש לכך מחיר: כאשר בנו הראשון נולד, הם טורפים אותו; התינוק נשאר ללא גפיים, ללא אף, עיניים, אוזניים ופה, ואף ללא העור – ובכל זאת, התינוק עדיין חיי. הילד נזרק אל הנהר ולכאורה נשכח (ממש הסיפור של משה בתיבה…), והסיפור כביכול נגמר.

'וואן פיס' ממוקמת בעולם דמיוני, המורכב רובו מאיים. 20 שנה לפני תחילת הסדרה הוצא להורג מלך הפיראטים גול די. רוג'ר (הידוע יותר בכינויו גולד רוג'ר). מילותיו האחרונות היו "השארתי את כל אוצרותי במקום ההוא", ואלו גרמו ליציאתם של מאות ואלפי פיראטים אל הימים בחיפוש אחר האוצר האגדי, המכונה 'וואן פיס'.

מונקי די. לופי עוזב את כפרו במטרה להגשים את חלומו: להיות מלך הפיראטים, הפיראט החזק והטוב מכולם, ולמצוא את ה'וואן פיס'. אליו מצטרפים אנשים נוספים ההולכים אחר חלומותיהם, וביחד הם מקימים את צוות "כובעי הקש", על שם כובע הקש של לופי. שלא כמו הרוב המכריע של הפיראטים, "כובעי הקש" הם אנשים מוסריים ונאמנים לעקרונותיהם, הנמנעים מהרג ומבזיזה ומרוויחים את לחמם מעזרה לאלו הנמצאים בצרה. אך למרות זאת, בפני החוק הם עדיין פיראטים, ולכן רודפים אחריהם חיילי הצי חיל הים ואנשי הממשלה העולמית, הגוף השולט בעולם.

יאגאמי ראיטו (Yagami Raito) הוא תלמיד תיכון בן 17 בעל ממוצע הציונים הגבוה ביפן. ראיטו אינו מרוצה משגרת החיים הרגילה והמשעממת שלו. יום אחד ראיטו מוצא חפץ מסתורי.

כשראיטו מרים אותו, על החפץ רשום באותיות גדולות Death Note (מחברת המוות).ראיטו חוזר הביתה ומנסה את המחברת. לאחר שמופתע מהכוח המדהים שנפל לידיו, ראיטו מחליט

להפוך את העולם ל"אוטופיה", עולם מושלם. עולם חסר מלחמות ופשעים. לאחר כמה ימים מצטרף אליו ריוקו (Ryuku) השיניגאמי (Shinigami/אל מוות) של המחברת, ומוסר לו עוד פרטים עליה.

ממשלות ומשטרות העולם מתחילות להבין שמשהו לא קשורה, כיוון שיותר ויותר פושעים מדווחים מתחילים למות, ופותחות בחקירה הגדולה ביותר מעולם.

החקירה נקראת "חקירת קירא" (רוצח)

לחקירה הזאת מצטרף L, שנחשב לבלש הטוב ביותר בעולם. כעט מתחיל הקרב הגדול של ראיטו נגד L, שני המוחות המבריקים בעולם!

מה יהיה בסופו של הקרב ומי ינצח? כל התשובות ב"מחברת המוות"!

בכפר נינג'ות מבודד, נער צעיר מתחבא לו בין עלים ושמו הוא אוזומאקי נארוטו!

נארוטו, נער שובב ומזימתי, לומד באקדמיית הנינג'ות שם הוא לומד את כל מה שצריך כדי לעבור את בחינות הקבלה ולהפוך לנינג'ה רשמית. אך במקום להתאמץ בלימודיו, נארוטו בכל יום עושה ההפך וגורם רק לבעיות ולתככים בכל רחבי הכפר, דבר שגורם למורה שלו, אירוקה-סנסאי, לכעוס עליו מאוד. ומעל הכל, יש ספק גדול אם נארוטו בכלל יצליח לסיים את לימודיו. אבל לנארוטו יש חלום, חלום שבו הוא יהפוך לראש הכפר (או בשם שקוראים לתואר זה בכפר, הוקאגה) ובכך יהיה הנינג'ה החזקה ביותר בסביבה. אך למרות זאת, כל המבוגרים בכפר נותנים לנארוטו מבט מאיים. האמת היא, שלנארוטו יש סוד גדול שקשור ללידתו, סוד שאפילו הוא לא מודע אליו.

לפני 12 שנים, Kyuubi no Youko ביפנית, בפירוש לעברית: "שועל בעל 9 הזנבות" (מין סוג של שד-מפלצת רוע שעשתה טרור בכפר וגרמה לכאוס מוחלט) נטמן בגופו של נארוטו כשעוד היה תינוק ע"י ההוקאגה באותה תקופה (ההוקאגה הרביעי).

ראש האקדמיה לנינג'ות, מיזוקי, משתמש בנארוטו הבודד כדי לגנוב את מגילת הפוג'ין, מגילה המכילה את סודות הג'וטסו (מתקפות של נינג'ות) החזקים ביותר של הכפר. לאחר שנארוטו מגלה את השאיפות הזדוניות של מיזוקי, הוא גם שומע ממנו את הסיבה האמיתית לכך שכולם בכפר שונאים את נארוטו ודחו אותו כל השנים. נארוטו משתגע מכעס ובילבול ולאחר מאמץ גדול ועזרה מאירוקה-סנסאי מביס את מיזוקי והמגילה חוזרת למקומה. אירוקה, שרואה את ההתקדמות של נארוטו, מחליט לתת לנארוטו לסיים את לימודיו באקדמיה ולהפוך לנינג'ה בוגרת רשמית. נארוטו, יחד עם חבריו לכתה אוצ'יהא סאסקה והארונו סאקורה, שמוגרלים להיות איתו בצוות, עושים את צעדיהם הראשונים בתור נינג'ות ועוברים משימות וחוויות קשות ומיוחדות תחת מנהיגותו של האטקה קאקאשי.

בעתיד הרחוק, בני-האדם לחמו בטפילי ענק חדשים ולא מזוהים המוכרים בשם 'הגסטראה' וכמעט הובסו במהלך הלחימה. כתוצאה מכך, הם אולצו לגלות מבתיהם אל תוך אזורי מגן ובכך להמשיך בלחימה על הישרדותם. עלילת הסדרה עוקבת אחר רנטרו, נער אשר חיי ביפן ומשרת בארגון הביטחון האזרחי, שמטרתו היא להגן על התושבים מפני טפילי הגסטראה. לוחמי ארגון הביטחון האזרחי עובדים בזוגות, כאשר יש לכל חבר בארגון 'נערה מקוללת', אשר מסייעת לו בעת הלחימה בגסטראה. 'הנערות המקוללות' הן דור הילדות שהגיעו לאחר פלישת הגסטראה, וזאת כאשר העובר שלהן נדבק בנגיף הלא-מוכר, אך מסיבה כלשהי לא הצליח להשתלט על כל גופן, ובכך מאפשר להן לשמור על תכנותיהן האנושיות תוך שימוש בכוחות הגסטראה. 'הנערה המקוללת' של רנטרו היא אנג'ו, והיא מתמחה בקרב מטווח קרוב. כעת רנטרו ואנג'ו לוחמים ביחד על-מנת שיוכלו לשחרר, ביום מן ימים את העולם מנגיף האכזרי שפקד אותם.