Indonesia berikutnya adalah teori Nusantara yang bisa dibilang sangat berbeda dengan teori Yunan. Teori ini menyebutkan bahwa bangsa Indonesia berasal dari wilayah Indonesia itu sendiri, yakni tidak melalui proses migrasi dari daerah manapun. Teori Nusantara ini didukung oleh para ahli, antara lain Gorys Keraf, J. Crawford, Sutan Takdir Alisjahbana, dan Muhammad Yamin.
Dasar utama teori Nusantara adalah berdasarkan pada bangsa Melayu yang merupakan bangsa dengan peradaban yang sudah tinggi. Anggapan tersebut didasari pada hipotesis bahwa bangsa Melayu telah melewati proses perkembangan budaya sebelumnya di wilayahnya. Jadi kesimpulannya, bangsa Melayu asli di Nusantara yang akhirnya tumbuh dan berkembang dengan sendirinya tanpa adanya perpindahan ke wilayah tersebut.