Dua buah lokomotif CC 201, yaitu CC 201 33 yang menarik rangkaian KA Senja IV jurusan Jakarta-Yogyakarta yang berangkat dari Stasiun Purwokerto dan CC 201 35 yang menarik rangkaian KA Tatarmaja jurusan Madiun-Jakarta yang berangkat dari Kroya bertabrakan di daerah Gunung Payung, dekat jembatan Sungai Serayu pada tanggal 21 Januari 1981. Pasca tabrakan kedua lokomotif tersebut dirucat pada tahun 1986 karena sudah tidak memungkinkan untuk diperbaiki.[12]
CC 201 85R juga merupakan lokomotif yang sudah afkir. Pada 2 Januari 1998, lokomotif CC 201 85R berdinas bersama CC 201 86R menarik KA Babaranjang BBR 20 dari Tanjungkarang. Sekitar pukul 23.20 WIB, KA BBR 20 menabrak KA Babaranjang BBR 7 dari arah Tanjung Enim di Stasiun Sulusuban. 1 orang tewas dan 8 lainnya terluka. Penyebab terjadinya kecelakaan ini masih simpang siur serta masih diperdebatkan. CC 201 86R selamat, sedangkan CC 201 85R tidak selamat dan afkir.[13]
CC 201 121R yang menarik KA S5 Fajar Utama Lampung mengalami PLH menabrak 16 dari 37 gerbong KKBW dari kereta api Babaranjang BBR 1 yang tertinggal di petak Rejosari - Labuan Ratu, Lampung, pada 19 Mei 2005.[14] Insiden ini mengakibatkan 4 orang tewas dan CC 201 121R hancur total. Saat ini CC 201 121R tinggal menyisakan sasisnya di PKLG Balai Yasa Lahat.
Pada tanggal 23 Januari 2009, terjadi tabrakan kereta api Rajawali yang ditarik lokomotif CC 201 92 09 (CC 201 99) dengan kereta api peti kemas Antaboga yang ditarik lokomotif CC 201 89 08 (CC 201 80) di stasiun Kapas, tepatnya di jalur 1. Masinis KA Antaboga tewas akibat kecelakaan tersebut. Kecelakaan terjadi diduga karena keteledoran masinis dan asisten masinis KA Rajawali, yaitu melanggar sinyal masuk ketika aspek (isyarat) sinyal masih menandakan bahaya. Petugas PPKA tidak memindahkan wesel ke jalur 2 yang masih kosong. Tabrakan tidak mampu dihindari lagi. Dari kejadian ini, tercatat bahwa masinis kereta api peti kemas Antaboga dan asistennya tewas terjepit dalam kondisi lokomotif yang ringsek.[15]
CC 201 89 11 yang menarik KA Baracinta SCT 2 dari Sukacinta tujuan Kertapati Palembang bertabrakan dengan CC 202 90 01 yang menarik KA Babaranjang BBR 36-1 pada tanggal 19 Februari 2012. Dari PLH tersebut CC 202 90 01 terbakar dan CC 201 89 11 hancur, akibatnya CC 201 89 11 tidak dapat beroperasi lagi. Masinis dan asisten masinis kedua kereta tewas terjepit lokomotif yang hancur, sedangkan teknisi kedua kereta terluka.
CC 201 92 08 yang telah dimutasi ke Sumatera Selatan, mengalami kecelakaan saat menarik KA Barapati di Prabumulih pada 22 Maret 2012 akibat pemuaian rel. Lokomotif tersebut terguling, terbakar dan tidak dapat dioperasikan lagi akibat kerusakan yang berat.
CC 201 83 49 mengalami kecelakaan saat menarik kereta api Sancaka Sore dari Yogyakarta menuju Surabaya. Kecelakaan tersebut terjadi akibat ada truk trailer mogok ditengah rel lalu tersambar kereta api Sancaka. Lokomotif ini kini sudah diafkirkan dan dilepas seluruh komponennya di Balai Yasa Yogyakarta.[16]
CC 201 83 04 yang bertugas menarik KA Kahuripan (Kiaracondong-Blitar) menabrak truk bermuatan pupuk, tepatnya di km 363+6/7 (200 m sebelah timur Stasiun Kawunganten) pada 13 September 2022 pukul 00:50 WIB. Menurut kronologi yang dituturkan Kasi Humas Polres Cilacap, truk tersebut akan mengirim pupuk ke Klaten. Namun nahas, sang pengemudi tidak menyadari bahwa kereta api akan melintas, sehingga truk pun tertabrak kereta api. Tidak ada korban jiwa, tetapi truk mengalami kerusakan dan korban hanya mengalami luka ringan di kepala dan lalu lintas jalur selatan Pulau Jawa di koridor Bandung–Yogyakarta terhambat.[17][18]
Pada 18 Juli 2023 pukul 15:10 WIB, KA Kuala Stabas menabrak truk Fuso berisi tebu di perlintasan tanpa palang pintu di Kecamatan Blambangan Pagar, Lampung Utara. Kecelakaan ini menyebabkan lokomotif CC 201 83 42 mengalami anjlok dan kerusakan sehingga menyebabkan perjalanan kereta api sempat terganggu. Tidak ada korban jiwa dalam insiden ini.[19][20]
Pada 18 Juli 2023, Selasa pukul 19:32 WIB. CC 201 77 11 sedang berdinas menarik KA 112 Brantas dengan tujuan akhir Blitar menabrak truk trailer di perlintasan sebidang Jalan Madukoro Raya petak jalan Jerakah-Semarang Poncol, Kelurahan Krobokan, Kecamatan Semarang Barat, Kota Semarang, Jawa Tengah. Akibatnya truk trailer tersebut terbakar dan terseret sejauh 50 meter hingga tersangkut di Jembatan Banjir Kanal Barat Kokrosono. Hal ini menyebabkan lalu lintas jalur utara Pulau Jawa terutama di koridor Cirebon–Semarang terhambat. Tidak ada korban jiwa dalam musibah ini, tetapi satu penumpang mengalami patah tulang karena nekat melompat keluar saat kejadian.[21]
Pada tanggal 5 Januari 2024 pukul 06:03 WIB, terjadi adu banteng yakni tabrakan antara Commuter Line Bandung Raya dan KA Turangga di petak km 181+700 antara Stasiun Haurpugur dan Stasiun Cicalengka, tepatnya menjelang sinyal masuk Stasiun Cicalengka. Insiden ini melibatkan dua lokomotif. Lokomotif CC 201 77 17 ringsek sehingga diafkirkan/rucat di Balai Yasa Yogyakarta sedangkan lokomotif CC 206 13 97 rusak dibagian underframe dan kemungkinan masih bisa diselamatkan. Insiden ini telah memakan korban jiwa pegawai kereta sebanyak 4 orang dan 37 orang lainnya mengalami luka-luka.