Biological Networks

国立遺伝学研究所　生命情報・DDBJセンター　有田・越水研究室 (DDBJ Arita  Koshimizu Laboratory) 

We analyze omics information  of all bio-species using informatics approach (general bioinformatics).

Target organisms include bacteria (Bifidobacterium, Lactobacillus, Helicobacter), plants, and SARS-CoV-2.

様々な生物種について、情報科学の観点からオミックス情報を解析しています。いわゆるバイオインフォマティクス全般を扱っています。近年は微生物や植物のみならずSARS-CoV-2も解析しています。

教授　有田 正規
Masanori Arita
(Professor)

特命准教授　クリュコフ・キリル　Kirill Kryukov
(Assoc. Professor)

助教　越水  静
Shizuka Koshimizu
(Assist Professor)

Computational Genomics

We are interested in the evolution of genes and genomes. Bacteria are good targets for the availability of large-scale genomic data. For Lactobacillaceae (family of lactic acid bacteria), we compare 178 strains from 24 genera to overview their adaptation and selection history. For  Bifidobacterium, we investigate ability of sugar utilization. For Helicobacter, we trace its co-evolution with human.

ゲノム解析では主に微生物を扱っています。乳酸菌、ビフィズス菌、ピロリ菌などを対象に、宿主や食品との関係や糖の資化能を調べてきました。実験系の研究室と共同した解析で、現在はボローニャ大学、米国立がんセンター、東京農業大学等と一緒に研究しています。

Computational Metabolomics

In metabolomics, we focus on the distribution of chemical molecules in plants and animals. To fully exploit obtained knowledge, integration and reanalysis of metabolomic and lipidomic data are essential. To achieve FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, and Reusable) metabolomics research, we create databases and software platforms for metabolite identification.

メタボロミクスでは植物や動物における代謝物の分布をしらべています。得られた知識を活用するにはデータの統合や利活用が必須です。FAIRデータという概念（見つけやすく、アクセスしやすく、外からでも再利用できる）を達成できるデータベースやソフトウェアの開発をおこなっています。

近年の代表成果