สาขาวิชาเคมีประยุกต์มีประวัติความเป็นมาดังนี้

-ปี 2550 สาขาวิชาวิทยาศาสตร์ศึกษา (เคมี) เริ่มเปิดทำการสอนระดับปริญญาโท ตามโครงการการดำเนินงานศูนย์ความเป็นเลิศนวัตกรรมทางเคมี (Center of Excellence for Innovation in Chemistry, PERCH-CIC)

-ปี 2557 ได้เปลี่ยนชื่อจากสาขาวิชาวิทยาศาสตร์ศึกษา (เคมี) เป็นสาขาวิชาเคมีประยุกต์ ตามโครงการการดำเนินงานศูนย์ความเป็นเลิศนวัตกรรมทางเคมี (Center of Excellence for Innovation in Chemistry, PERCH-CIC)

-ปี 2562 ปรับปรุงหลักสูตร วท.ม. เคมีประยุกต์ ตามโครงการการดำเนินงานศูนย์ความเป็นเลิศนวัตกรรมทางเคมี (Center of Excellence for Innovation in Chemistry, PERCH-CIC)

-ปี 2565 ปรับปรุงหลักสูตร วท.ม. เคมีประยุกต์ ตามโครงการการดำเนินงานศูนย์ความเป็นเลิศนวัตกรรมทางเคมี (Center of Excellence for Innovation in Chemistry, PERCH-CIC)