Ο Αθλητικός Όμιλος "ΑΠΟΛΛΩΝ ΑΡΝΑΙΑΣ" αποτελεί μετεξέλιξη του Τμήματος καλαθοσφαίρισης του Μ.Ο ΑΠΟΛΛΩΝ ΑΡΝΑΙΑΣ, το οποίο ιδρύθηκε το 1984 από τον Σαμαρά Αναστάσιο του Αθανασίου τριτοετή φοιτητή του μετέπειτα ΤΕΦΑΑ Θεσσαλονίκης τότε μαζί με τους συμμαθητές του τελειόφοιτους του Λυκείου Αρναίας της τάξης 1982 και στη συνέχεια συναθλητές του . Το Τμήμα δημιουργήθηκε πριν ακόμη υπάρξει η Ένωση Καλαθοσφαιρικών Σωματείων Χαλκιδικής συμμετέχοντας αρχικά στο πρωτάθλημα της Ένωσης Καλαθοσφαιρικών Σωματείων Ανατολικής Μακεδονίας και Θράκης, στη συνέχεια ιδρυτικό μέλος της Τοπικής Ένωσης Χαλκιδικής και εντέλει μέλος εως σήμερα της Ε.Κ.Α.Σ.Χ.

Έχει συνδέσει το όνομά του με την μεγαλύτερη επιτυχία της ΕΚΑΣΧ καθώς η επιμονή του στην τρίτη προσπάθειά του στους αγώνες κατάταξης για την άνοδο στην Γ Εθνική του 1996 στην Έδεσσα που στέφθηκε με επιτυχία , υπήρξε το εφαλτήριο από τον τότε πρόεδρό της Μιχάλη Κουτσό σε συνεργασία με τον Γενικό Γραμματέα της Ε.Ο.Κ. Γιώργο Βασιλακόπουλο για τη θεσμοθέτηση της απευθείας ανόδου του πρωταθλητή της Ε.Κ.Α.Σ.Χ. στην Γ Εθνική το οποίο διατηρείται μέχρι σήμερα και θα πρέπει να φυλαχτεί ως κόρη οφθαλμού για την ομαλή λειτουργία της .

Το Τμήμα συμμετείχε ανελλιπώς στα πρωταθλήματα στην Α' κατηγορία και είναι ο πολυνίκης του θεσμού με εννέα (9) πρωταθλήματα.

Συμμετείχε στην Γ' Ερασιτεχνική Κατηγορία στις αγωνιστικές περιόδους, 1996-1997 , 1998-1999 και 2011-2014.

Το 2014 υπήρξε το έτος της μετεξέλιξης από τμήμα του Μ.Ο ΑΠΟΛΛΩΝ ΑΡΝΑΙΑΣ σε ανεξάρτητο αθλητικό σωματείο υπό την ονομασία Α.Ο ΑΠΟΛΛΩΝ ΑΡΝΑΙΑΣ, διατηρώντας τόσο το όνομα όσο και τα χρώματα του αρχικού σωματείου (πορτοκαλί και μαύρο).

Στη γενική συνέλευση που πραγματοποιήθηκε στις 5 Οκτωβρίου 2014 και στη συνέχεια στις 12 Οκτωβρίου 2014 συγκροτήθηκε σε σώμα το πρώτο Διοικητικό Συμβούλιο από τους Δημήτριο Ταμβάκη (πρόεδρο ) , Αντώνιο Καραγιάννη, Αστέριος Τζιτζιρίκας, Ζαχαρία Αργυρό, Αστέριος Κούκος , Περικλής Πραβήτας και Αργύριος Τρικκαλιώτης .

Στη γενική συνέλευση που πραγματοποιήθηκε στις 27 Νοεμβρίου 2016 και στη συνέχεια στις 1 Δεκεμβρίου 2016 συγκροτήθηκε σε σώμα το δεύτερο Διοικητικό Συμβούλιο από τους Δημήτριο Ταμβάκη (πρόεδρο ) , Ζαχαρία Αργυρό, Αστέριος Τζιτζιρίκας, Φώτιος Σιγηνός, Αργυρός Δημήτριος , Ιωάννης Κατσάγγελος και Αργύριος Τρικκαλιώτης .

Στη γενική συνέλευση που πραγματοποιήθηκε στις 14 Ιουλίου 2019 και στη συνέχεια την ίδια ημέρα συγκροτήθηκε σε σώμα το τρίτο Διοικητικό Συμβούλιο από τους Αστέριο Τζιτζιρίκα (πρόεδρο ) , Λεμονιά Ιωαννίδου, Ειρήνη Καραστέργιου, Φώτιος Σιγηνός, Νικόλαος Γαλατσιάνος , Ιωάννης Κατσάγγελος και Ευαγγελία Πανιώρα .

Στη γενική συνέλευση που πραγματοποιήθηκε στις 11 Σεπτεμβρίου 2021 και στη συνέχεια στις 13 Σεπτεμβρίου 2021 συγκροτήθηκε σε σώμα το τέταρτο και νυν Διοικητικό Συμβούλιο από τους Αριστείδη Μοσχόπουλο (πρόεδρο ) , Μαρία Τρεμοπούλου , Γεωργία Κεχαγιά, Ευαγγελία Πανιώρα του Αστερίου, Αντώνιο Μαρκογιαννάκη , Ιωάννη Κατσάγγελο και Κωνσταντίνο Πραβήτα .