โรงเรียนอันนาลัยตั้งอยู่เลขที่ 333 ตำบลท่าฉลอม อำเภอเมืองสมุทรสาคร จังหวัดสมุทรสาคร 74000 สังกัดสำนักบริหารงานคณะกรรมการส่งเสริมการศึกษาเอกชน กระทรวงศึกษาธิการ เป็นโรงเรียนคาทอลิก ของมิสซังโรมันคาทอลิกกรุงเทพฯ (อัครสังฆมณฑลกรุงเทพฯ) เป็นสมาชิกของฝ่ายการศึกษาอัครสังฆมณฑล กรุงเทพฯ เดิมโรงเรียนใช้ชื่อว่า “โรงเรียนนักบุญอันนา” เพื่ออบรมเด็กคริสตชนและเด็ก ๆ ทุกศาสนาให้เป็นคนดี มี ความรู้ วันที่ 11 กันยายน พ.ศ. 2465 บาทหลวงคูเลียลโม ขอเปิดโรงเรียนโดยใช้ชื่อว่า “โรงเรียนประชาบาล” ในปีพ.ศ. 2483 ได้เปลี่ยนจากโรงเรียนประชาบาลเป็นโรงเรียนราษฎร์ และในพ.ศ. 2485 ได้ปิดโรงเรียนจาก เหตุการณ์สงครามโลกครั้งที่สอง

ต่อมา บาทหลวงเทโอฟิลยวง กิจบุญชู เจ้าอาวาสวัดนักบุญอันนา (พ.ศ. 2490 - พ.ศ. 2512) ขอเปิดโรงเรียนตามใบอนุญาตเลขที่ 3/2491 ลงวันที่ 29 มิถุนายน พ.ศ. 2491 และได้เปลี่ยนชื่อเป็น “โรงเรียนอันนาลัย” ปัจจุบันเป็นโรงเรียนประเภทสามัญศึกษา เปิดทำการสอนตั้งแต่ระดับก่อนประถมศึกษาถึงชั้น มัธยมศึกษาปีที่ 6 ผู้บริหารการศึกษาประกอบด้วย บาทหลวงในสังกัดอัครสังฆมณฑลกรุงเทพฯ ดำรงตำแหน่งผู้ลง นามแทนผู้รับใบอนุญาต นักบวชหญิงสังกัดคณะภคินีพระหฤทัยของพระเยซูเจ้าแห่งกรุงเทพฯ ดำรงตำแหน่ง ผู้จัดการและผู้อำนวยการ ร่วมกับคณะครู เจ้าหน้าที่ ผู้ปกครอง และชุมชน จัดการศึกษาตามหลักนโยบายของ กระทรวงศึกษาธิการ และหลักสูตรแกนกลางการศึกษาขั้นพื้นฐาน พุทธศักราช 2551 (ฉบับปรับปรุง พ.ศ. 2560) ส่งเสริมทักษะด้านภาษาอังกฤษ ภาษาจีน ศิลปะและกีฬา เน้นอัตลักษณ์การศึกษาคาทอลิก (รักและรับใช้) ปลูกฝัง ให้นักเรียนเป็นคนดี คนเก่ง และมีความสุข