ศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจำจังหวัดอ่างทอง เป็นหน่วยงานที่จัดตั้งขึ้นตามมติคณะรัฐมนตรี  เมื่อวันที่ 6 กรกฎาคม 2542 คณะรัฐมนตรีอนุมัติให้กระทรวงศึกษาธิการตั้งศูนย์การศึกษาพิเศษ (เพื่อคนพิการ) ประจำจังหวัด  ให้เป็นสถานศึกษาสังกัดกองการศึกษาเพื่อคนพิการ กรมสามัญศึกษา  ตามประกาศกระทรวงศึกษาธิการ ประกาศ ณ วันที่ 31 กรกฎาคม 2543 เรื่อง แต่งตั้งศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจำจังหวัด ให้จัดตั้งศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจำจังหวัดอ่างทอง  เป็นสถานศึกษาสังกัดกองการศึกษาเพื่อคนพิการ กรมสามัญศึกษา ตั้งอยู่ที่โรงเรียนวิเศษชัยชาญวิทยาคม อำเภอวิเศษชัยชาญ จังหวัดอ่างทอง เพื่อจัดการศึกษาในลักษณะ ศูนย์บริการช่วยเหลือระยะแรกเริ่มและเตรียมความพร้อมของคนพิการ สนับสนุน การเรียนการสอน การจัดสื่อสิ่งอำนวยความสะดวกการให้บริการ และความช่วยเหลือที่เกี่ยวข้อง การจัดครูเดินสอนแก่คนพิการและสถานศึกษา โดยมีนาย อวยชัย ชัยรักษ์ ดำรงตำแหน่ง หัวหน้าศูนย์ในขณะนั้น

       เมื่อวันที่ 29 เมษายน พ.ศ. 2545 จ่าสิบเอก เสวก ฉุนหอม ได้มาดำรงตำแหน่งหัวหน้าศูนย์คนที่ 1  ต่อมากระทรวงศึกษาธิการได้มีการปรับโครงสร้างตาม พระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการ กระทรวงศึกษาธิการ พ.ศ. 2546 ( ฉบับที่ 2 ) พ.ศ. 2553 ให้ศูนย์การศึกษาพิเศษ  สังกัดสำนักบริหารงานการศึกษาพิเศษ สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐานกระทรวงศึกษาการ   และเมื่อวันที่ 4 กุมภาพันธ์ 2552 ศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจำจังหวัดอ่างทอง  ได้ย้ายสำนักงานชั่วคราวจากโรงเรียนวิเศษชัยชาญวิทยาคม อำเภอวิเศษชัยชาญ มาตั้งอยู่เลขที่ 63/1 หมู่ 5  ตำบลจำปาหล่อ  อำเภอเมือง จังหวัดอ่างทอง

        ต่อมา เมื่อวันที่  24  กรกฎาคม  2555  นางอรอินทร์ คลองมิ่ง  ได้เข้ามาดำรงตำแหน่ง ผู้อำนวยการศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจำจังหวัดอ่างทอง จนถึงวันที่ 30 ธันวาคม 2557

       ในวันที่  27  กรกฎาคม  2558 นางสาวอาภาพร  วรรณสุนธยา  ได้เข้ามาดำรงตำแหน่ง ผู้อำนวยการศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจำจังหวัดอ่างทอง จนถึง 14 พฤศจิกายน 2559

       ในวันที่  1 มีนาคม 2560  นายเกรียงไกร เกียรติวงค์กมล  ได้เข้ามาดำรงตำแหน่ง ผู้อำนวยการศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจำจังหวัดอ่างทอง จนถึง 30 กันยายน 2563

ในวันที่ 2 ตุลาคม 2563  นายอานนท์ จ่าแก้ว  ได้เข้ามาดำรงตำแหน่ง ผู้อำนวยการศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจำจังหวัดอ่างทอง  จนถึง 30 กันยายน 2565

ปัจจุบัน  นายประวิทย์ เรืองเดช  วุฒิการศึกษาสูงสุด ปริญญาโท หลักสูตร ศึกษาศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาการบริหารการศึกษา และ ปริญญาตรี หลักสูตร วิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิชา เทคโนโลยีอุตสาหกรรม  ได้ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจำจังหวัดอ่างทอง  ตั้งแต่วันที่ 12 ตุลาคม 2565 เป็นต้นไป