در سال 1986، زوبیزارتا با باشگاه بارسلونا برای رکورد 1.7 میلیون یورویی قرارداد امضا کرد پس از لیگ قهرمانان اروپا 1993–1994، جایی که بارسا در فینال با نتیجه 4–0 مغلوب میلان شد، زوبیزارتا مازاد بر الزامات تلقی شد و دوران حرفه ای خود را در والنسیا CF به پایان رساند و همچنان در سطح بالایی بازی می کرد او پس از کمپین 1997–1998 در 37 سالگی بازنشسته شد.

Andoni Zubizarreta در 2 ژوئیه 2010 توسط رئیس جمهور ساندرو روسل به عنوان مدیر فوتبال بارسلونا منصوب شد و جانشین هم تیمی سابق تیم ملی و باشگاهی Txiki Begiristina شد در طول دهه گذشته او در همان سمت به اتلتیک بیلبائو خدمت کرده بود در حالی که به عنوان مفسر رادیو و تلویزیون نیز کار می کرد.

در 5 ژانویه 2015، زوبیزارتا از سمت مدیر فوتبال بارسلونا توسط جوزپ ماریا بارتومئو، رئیس باشگاه برکنار شد و در 27 اکتبر 2016، او با تیم لیگ 1 المپیک مارسی به همان عنوان قرارداد امضا کرد، چهار سال بعد با رضایت دوجانبه ترک کرد.

زوبیزارتا اولین بازی خود را برای اسپانیا در 23 ژانویه 1985 در پیروزی 3-1 دوستانه مقابل فنلاند انجام داد او در 13 سال بعد 125 بازی ملی دیگر را جمع آوری کرد زوبیزارتا در چهار جام جهانی پیاپی در سال های 1986، 1990، 1994 و 1998 نماینده کشور بود.