MicroManager

Time Lapse 系のセットアップ

これまで死蔵されていたZeissのaxiovert200を、連続撮影用に再度セットアップする。三啓というメーカーから１３-４年前に購入したインキュベータを再度組み立てなおして、CCDカメラを調達してつける（QImaging Retiga 1300）

さて、顕微鏡とカメラの制御だが、昔はImageJに対応するSion LG-3というフレームグラバーカードを使って明視野の撮影をしていた。プロセスとして

• 顕微鏡の水銀ランプを点灯する

• 撮影する

• 顕微鏡の水銀ランプを消灯する

という過程を一定時間ごとに行わなくてはならない。NIH Imageの場合は、リレーを自作して、シリアル制御で顕微鏡の電源そのもののオンオフをしていた。今考えるとなかなか大胆である。AxioVert200の場合は、シャッター部分だけ外部制御できるようになっているので、電灯はつけっぱなしでこちらを動かせばよいはずである。また、顕微鏡や電動ステージの制御ソフトは大概大仰で100万円ぐらいするものだが、現在ImageJのプラグインとして動く microManager というオープンソースのソフトがあるらしい。早速導入してみる。

RS-232Cで顕微鏡とつなげて、設定ファイルを探して入れるところまでは平島さんがやってくれた。また、QImagingのカメラも同じくmicroManagerで撮影できることもわかった．単純にHardware setup wizardなるもので選択するだけだったので結構簡単．

さて、顕微鏡の電動ステージを導入し、microManagerと通信させる．まずドライバを入れて、Hardware setup wizardのリスト内から対応するTANGO機器を選択するが、「シリアルポートに接続されていません」という意味のエラーが出る．デバイスマネージャで確認してみると、COM4につながっているはずである．はて。Teratermでテキストを流し込んだり、ドライバを取り替えたりしていると、そのうち急にターミナルソフトからのコマンドには反応するようになった．どうやらドライバをCD-ROM附属の古い物を使わないと行けないらしい．

さて、さらにいろいろmicroManagerをいじるが、どうもつながらない。結局TANGOコントローラーの他に、XYステージの項もチェックしないと行けないということに気がついた．あとはマニュアル通り動作するようになった．

明視野の連続撮影の際、ランプの制御が撮影に比べて遅すぎて、ランプが着く前に撮像が終わる、というトラブルが起こっていたが、これはHardware setup wizardの後半に、動作にDelayを噛ませる設定があったのでそれに２秒ぐらいの値を入れたら起こらなくなった．