ImageJ

Particle tracking

細胞集団の挙動のトラッキングをしようとしていて、どうもいい道具がないと思っていたが、奈良医大の高木さんによい道具を教えてもらった。

数値計算の結果の可視化

むかしC++で書かせた計算結果をスタックにしようとしてやり方をど忘れした．

File > Import > Text File…

で開いて、 [Stack Maker http://rsbweb.nih.gov/ij/plugins/stack-maker.html]を拾って来て走らせる．

スタック画像の積算画像の作成

AttoとFujiのケミルミの撮影装置のデモをしてもらった際、Attoの機械には積算機能が着いていなかったので、自分でImageJで書いてみる．

マクロコマンド自体をすっかり忘れてしまっていたが、サンプルを一つ開いてから Plugin>Macros>Record… を使って、自分のやりたい操作の記述を書き出させて切り貼りする．出来上がりがこれ。

macro “Integrate stack[i]” {

　　　　　　n = nSlices;

　　　　　　setSlice(1);

　　　　　　run(“Select All”);

　　　　　　run(“Duplicate…”, “title=Integrated”);

　　　　　　for(i=1; i selectWindow(“Stack”);

　　　　　　　　　　　　setSlice(i);

　　　　　　　　　　　　run(“Select All”);

　　　　　　　　　　　　run(“Copy”);

　　　　　　　　　　　　selectWindow(“Integrated”);

　　　　　　　　　　　　run(“Paste”);

　　　　　　　　　　　　run(“Paste Control…”);

　　　　　　　　　　　　setPasteMode(“Add”);

　　　　　　}

}