يتم قيد الأطباء في المجلس الطبي السوداني في أربعة سجلات: السجل التمهيدي، والسجل الدائم، وسجل الاختصاصيين، والسجل المؤقت.

السجل التمهيدي:

في السجل التمهيدي يتم قيد الخريجين الجدد من الأطباء وأطباء الأسنان والصيادلة من الجامعات السودانية وجميع خريجي الجامعات الأجنبية من السودانيين الذين يحضرون للعمل بالسودان لأول مرة. يمنح هذا النوع من التسجيل الأطباء الحق في العمل كأطباء امتياز بالمستشفيات الحكومية فقط تحت إشراف الاختصاصيين ولا يعطيهم حق مزاولة المهنة خارج حدود المستشفى.

السجل الدائم:

 بعد انقضاء فترة الامتياز والنجاح في الامتحان الذي يعده المجلس الطبي يتم تسجيل الأطباء وأطباء الأسنان والصيادلة السودانيين في السجل الدائم. يعطي هذا التسجيل الطبيب حق العمل بمفرده وأن يقوم بكافة أعمال الطبيب من علاج وكتابة الوصفات الطبية وتقاضي الأتعاب سواء كان ذلك في العمل العام أو الخاص.

سجل الاختصاصيين:

 يتم تسجيل الاختصاصيين في سجل الاختصاصيين بعد استيفاء شروط ولوائح المجلس الواجب توافرها. يحظر على أي طبيب أن يمارس أي اختصاص أو ان يعلن عن نفسه باي وسيلة على أنه اختصاصي ما لم يتم قيده في هذا السجل.

السجل المؤقت:

 يتم في السجل المؤقت قيد الأطباء الأجانب فقط بعد التأكد من مؤهلاتهم واستيفاء شروط الإقامة والعمل بالسودان. يخول هذا التسجيل الطبيب الأجنبي العمل فقط مع الجهة التي استقدمته للفترة التي يحددها المجلس، كما وضع المجلس الضوابط اللازمة لعمل الطبيب الأجنبي أثناء فترة عمله في السودان.

 لا يجوز الترخيص لأي طبيب بممارسة المهنة في أي من القطاعين العام والخاص كما لا يجوز استخدام أي شخص لممارسة المهنة إلا إذا كان مسجلا في السجلات أعلاه. يعتبر كل واحد من هذه السجلات حجة قاطعة الدلالة على أن المقيدين فيه قد تم قيدهم وفقاً لأحكام قانون المجلس الطبي، ويعتبر خلو السجلات من أي أسماء ما لم يثبت العكس حجة قاطعة على عدم التسجيل.