Es necesario registrar cada empresa de forma independiente en el sistema. Es decir, no se pueden gestionar varias empresas desde una sola cuenta. Cada una debe registrarse independientemente y luego del vencimiento del período de prueba, cada una deberá pagar un plan correspondiente. Esto suele ser incómodo para contadores o administradores que manejan varios negocios a la vez. 

Alegra tiene algunos tutoriales básicos y ayuda en línea, pero no ofrece muchos recursos para aprender funciones más avanzadas o resolver casos específicos. Esto puede dificultar el uso completo del sistema, especialmente para usuarios que desean aprovechar al máximo todas sus herramientas contables. Muchos deben buscar respuestas por su cuenta o contactar al soporte técnico para entender procesos más complejos. 

Es una aplicación en la nube, por lo que su funcionamiento es 100% con Internet, es decir, quiere una conexión a internet estable para su correcto funcionamiento. 

Aunque el sistema es preciso, los errores en la entrada de datos pueden llevar a resultados incorrectos. 

Aunque Alegra es fácil de usar, si no se ingresan bien los datos (por ejemplo, montos, fechas o categorías), el sistema no detecta automáticamente esos errores. Esto puede causar problemas en los reportes, facturas o en el balance general. Como no hay una validación automática en todo momento, los errores humanos pueden pasar desapercibidos y afectar el control contable. 

Al ser un software en la nube, se depende de Alegra para su correcto funcionamiento y seguridad de los datos. Es decir que si tienes un problema técnico o no sabes usar una función, debes contactar al soporte. A veces, pueden tardar un poco en responder y no ofrecen atención telefónica directa.