Помимо собственно математики, Тьюринг много времени посвящает изучению криптографии. Именно это привлекло к нему внимание британских спецслужб, которые собирали команду учёных для овладения сложнейшими немецкими военными шифрами.
После защиты докторской диссертации в Принстонском университете в 1938 году молодой ученый вернулся в Кембридж, где устроился на работу на неполный рабочий день в Центр правительственной связи – британскую правительственную организацию, которая работала над взломом шифров.
Во время Второй мировой войны Алан Тьюринг работал в Правительственной школе кодов и шифров, располагавшейся в Блетчли-парке, где была сосредоточена работа по взлому шифров и кодов стран оси. Перед Тьюрингом поставили задачу — разгадать секрет немецкой шифровальной машины «Энигма», с помощью которой кодировалась информация, передаваемая сухопутными войсками, флотом и авиацией гитлеровской Германии. Он возглавлял группу Hut 8, ответственную за криптоанализ сообщений военно-морского флота Германии. Тьюринг разработал ряд методов взлома, в том числе теоретическое обоснование электронно-механической машины для расшифровки кода «Энигмы», которая получила название Bombe. Как следствие, код «Энигмы» был расшифрован полностью, в том числе его более сложный вариант для ВМФ.
«Алан Тьюринг был замечательным человеком, который, взломав немецкий код «Энигма», сыграл ключевую роль в
спасении нашей страны во время Второй мировой войны. Он также оставил важное для страны наследие в лице своих
научных достижений, благодаря которым его часто именуют отцом современной информатики»,
— сказал премьер-министр Великобритании Дэвид Кэмерон.
В 1942 году учёный взялся за расшифровку кода «Лоренц», применявшегося немцами для передачи сообщений высшего командования. Благодаря работам Тьюринга и его коллег была создана одна из первых ЭВМ в мире, получившая название «Колосс». Эта машина взломала код «Лоренц», что позволило союзникам быть в курсе переписки высших руководителей гитлеровской Германии и сократило длительность войны как минимум на несколько месяцев.
Вклад Тьюринга в процесс взлома кодов этим не ограничивается: Алан также написал две статьи о математических подходах к дешифровке кода, которые считаются стратегически важными активами Кодекса и школы Cypher (позже известной как штаб-квартира правительства). Центр правительственной связи только в апреле 2012 года опубликовал эти разработки в Национальном архиве Соединенного Королевства Великобритании.
В 1945 году в обстановке секретности 33-летний Алан Тьюринг был награждён орденом Британской империи королём Георгом VI за военную службу.