Sejak awal beridirinya PPS. Al-Utsmani menerapkan sistem pendidikan salafiyah yang murni mengajarkan ilmu-ilmu agama dengan metode pengajaran sorogan atau wetonan atau disebut dengan pendidikan ma'hadiyah.

Saat ini pendidikan dibagi menjadi dua yaitu pendidikan diniyah dan pendidikan formal. Pendidikan diniyah menggunakan kurikulum yang disusun secara khusus dan diselenggarakan sistem kelasikal dengan 4 tingkatan. Sedangkan satuan pendidikan formal diselenggarakan berdasarkan satuan kurikulum pemerintah.