L'òrgan de govern de l'AFA és la Junta formada per persones voluntàries escollides en Assamblea General Ordinària cada 4 anys.

L'AFA de l'Escola Antoni Bergós és membre de l'Affac (Federació d'Associacions de Famílies d'Alumnes de Catalunya.

El funcionament de l'AFA Escola Antoni Bergós i les activitats que organitza són resultat del suport de la Regidoria d'Educació de l'Ajuntament de Lleida, l'Associació de Veïns de la Partida de Butsènit i la regidoria de l'Horta de Lleida.