La Alianza es un organismo autoconvocado de la comunidad científica de la UPR de los 11 recintos que contribuye sustancialmente al desarrollo de científicos hispanos en Estados Unidos y Puerto Rico y cuyos quehaceres y productos han sido impactados negativamente y al momento están peligrosamente vulnerables por los recortes presupuestarios impuestos por la Junta de Supervisión Fiscal. La comunidad científica de la UPR ha sido en su mayoría excluida durante los acuerdos presupuestarios sobre todo aquellos que tienen que ver con la Junta de Control Fiscal. Las necesidades de los investigadores no han sido ni escuchadas ni atendidas de forma adecuada durante la crisis fiscal.
Crear espacios de participación efectivos para la comunidad científica que permita un presupuesto adecuado para continuar llevando a cabo las actividades de investigación y desarrollo apoyadas por el sistema UPR.
Servir de apoyo en la transformación de los procesos administrativos y de gobernanza necesarios para conducir actividades de investigación y desarrollo en el sistema UPR.
Integrar efectivamente a los investigadores del sistema UPR en los procesos de toma de decisiones sobre todo en lo que concierne a las actividades de apoyo a la investigación (educación, administración y gobernanza).
Lograr que la planificación presupuestaria genere soluciones alineadas a un sistema universitario que tiene en su misión la investigación.