Сепаратистская армия дроидов — крупнейшая армия дроидов в истории Галактики. Была создана Конфедерацией независимых систем, чтобы обезопасить свою власть во всей галактике в период Войн клонов. Она состояла из боевых дроидов Торговой федерации, армии Техносоюза и других корпораций, которые объединились с графом Дуку.
В Конфедерацию вошёл ряд организаций, располагавших сильной армией дроидов: Торговая федерация, Техносоюз, Корпоративный альянс, Коммерческая гильдия и Межгалактический банковский клан. Их войска легли в основу этой армии.
Граф Дуку обучил киборга Гривуса обращаться со световыми мечами, а после обучения Гривус стал Верховным главнокомандующим Армией дроидов. Дроиды IG-100 «Магнастраж» стали телохранителями Гривуса. Они были вооружены только бластерами. Ему это не понравилось, и он лично обучил их обращаться с специальными электоропосохами, сделанными из фрика.
После того как был уничтожен Совет сепаратистов на Мустафаре, Дарт Вейдер деактивировал боевых дроидов. Сепаратистская армия дроидов стала важной частью Галактической Империи, как и Великая армия Республики.
Гизор Деллсо вскоре возродил армию дроидов на Мустафаре и создал государство — Сепаратистское сопротивление. Также на планете находились чертежи нового боевого дроида. Лидер дроидов Деллсо бросил вызов Империи. У Империи были огромные потери, но они выиграли битву за Мустафар, а после смерти Гизора Деллсо — и всю войну.
Некоторые дроиды уцелели; в частности, дройдеки с заводов Хайпори стали оружием для Консорциума Тайбера Занна.