功能分區嚴重悖離濕地保育法之精神及內涵，將五十二甲國家級重要濕地範圍之全區規劃成其他分區，未保留核心保育區及生態復育區。
草案中之發展功能規畫構想，將生態重點的成興大小池規劃為魚菜共生及水生植物區，卻未評估其對水鳥及水域生物棲地等整體濕地生態可能造成的影響，亦未進行具體之地主意願調查，提出整合策略，經營管理構想等，可行性極低。
本濕地棲地面積大且多樣性高，尤其是濕地內的稻田及休耕地，可提供雁鴨科、鷸鴴科等鳥類覓食及度冬。五十二甲溼地目前統計有228種鳥類,高蹺鴴、小水鴨、東方環頸鴴都有2500隻的記錄,比對2019年規劃報告跟E-bird網站(https://ebird.org/hotspot/L3262837),有不少保育類未列入報告中,如新列入保育類的大濱鷸、黑尾鷸、紅腹濱鷸在近期(2020.3~5月)都有記錄(https://ebird.org/taiwan/checklist/S67613656 )、其它有記錄的保育類鳥類:如東方蜂鷹、紅隼、灰澤鵟等都是今年的記錄,牠們主要棲息間段在休耕季節並不會與農民種植水稻行為衝突,應可創造人與鳥類共存的環境。
濕地一旦允許大規模開發，填土整地將衝擊五十二甲濕地所具備之滯洪、微氣候調節、地下水補注及多樣生物棲地之重要環境保育功能，其中排洪滯洪功能降低將可能以鄰為壑，提高鄰近的五結、冬山在極端氣候下淹水的機率。
計畫書中第24頁陳述保護珍稀植物風箱樹與穗花棋盤腳，縣政府設置風箱老樹保護區；第26頁水質採樣點圖中，標示風箱老樹保護區，第27頁 陸域植物也指出風箱樹跟穗花棋盤腳是瀕臨滅絶的物種；但第30頁中圖4-11重要溼地植物位置圖卻未標示風箱老樹保護區。如果重要應保護的區域都搞不清楚，是如何進行分區規劃? 在保障地主權益的前提之下，針對百年風箱老樹、水鳥應有積極保育的規劃。
五十二甲濕地優質的有機農田地景與珍貴的文化遺址為蘭陽平原重要的文化資產，也是地方創生與產業發展的重要契機，一旦遭開發破壞將不可回復。
五十二甲濕地為縣內重要之自然及文化資產，歷次說明會及座談會均未邀請縣內公民團體參與，諮詢對象侷限於少數幾位地主及少數觀光促進團體，公民意見嚴重不足。