Írországban a kereszténység a negyedik század végén ütötte fel a fejét. Az első hittérítők egyike volt a korábban említett Patrik, akit az írek védőszentjükként is tisztelnek, és aki után számos írásos emlék is fennmaradt. A Kellsi Kódexszel azonban Colum Cille, azaz Szent Columba neve fonódott szorosan össze, aki misszionáriusként északon, a Skócia melletti Iona szigetén telepedett le és alapított kolostort. Columba születésének idejére, a hatodik század közepére, a keresztény hit már az ír uralkodó osztály fő vallásává vált. Bár igen valószínű, hogy a kódex jóval a szerzetes halála után keletkezett, az 1007-ből fennmaradt Ulsteri Krónika azt Colum Cille Evangéliumaként említi. Elkészítésének pontos helyét és idejét csak becsülni tudják, de feltételezhető, hogy vagy Iona szigetén, vagy pedig Kells kolostorában írták valamikor 800 körül. Az is elképzelhető, hogy mindkét helyszínen bővült a kötet, hiszen a viking támadások elől az ionai szerzetesek egy része Kellsbe menekült. Ezt támasztja alá az is, hogy egyértelműen több írnok dolgozott a művön, az írás és a díszítés stílusa egy helyen minden átmenet nélkül, hirtelen megváltozott.

Az viszont egyértelmű, hogy Colum Cille Evangéliumát a középkorban Kells kolostora őrizte egészen a 17. század közepéig. 1641-ben a katolikus írek fellázadtak a protestáns angol telepesek ellen, és a harcok során a templom jelentős károkat szenvedett. Mivel Kellsben a kódex tárolására már nem tudtak megfelelő körülményeket biztosítani, 1653 körül azt Dublinba szállították, és az egyetemnek, azaz az 1592-ben az angol protestánsok által alapított Trinity Collegenak adományozták.

A kódex Máté, Márk, Lukács és János evangéliumait, azaz Jézus életének elbeszélését tartalmazza. A vellumra, azaz szárított bórjúbőrre festett cirkalmas latin szöveget rendkívül aprólékosan kidolgozott, színes rajzok díszítik. Nemcsak a sorok melletti helyeket, hanem szó szerint a szöveget is, hiszen sokszor a betűk állatrajzokként jelennek meg, vagy a szavak a képek szerves részét képezik. A rajzok minden egyes részlete utalás valmilyen keresztény szimbólumra, melyekből jó néhányat ma már nem is értünk, hiszen jelentésük a feledés több évszázados homályába veszett.