โครงการอนุรักษ์พันธุกรรมพืชอันเนื่องมาจากพระราชดำริ สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี (อพ.สธ.) เป็นโครงการที่สมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ทรงสืบสานพระราชปณิธานในการอนุรักษ์ทรัพยากรของพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดชบรมนาถบพิตร ที่ทรงมีสายพระเนตรอันกว้างไกล โดยทรงให้ความสำคัญและเห็นถึงความสำคัญของการอนุรักษ์พันธุกรรมพืช ทรัพยากร และการสร้างจิตสำนึก นับเป็นพระมหากรุณาธิคุณล้นเกล้าล้นกระหม่อมแก่ปวงชนชาวไทยและประเทศไทยเป็นล้นพ้นที่ได้รับพระราชทานแนวพระราชดำริ เพื่อเป็นกรอบในการดำเนินงานสวนพฤกษศาสตร์โรงเรียน

โรงเรียนอุทัยวิทยาคม ได้เข้าร่วมสนองพระราชดำริ เป็นสมาชิกงานสวนพฤกษศาสตร์โรงเรียนและได้รับพระราชทานป้ายสนองพระราชดำริงานสวนพฤกษศาสตร์โรงเรียน ในปี พ.ศ. 2546 ต่อมาได้รับพระราชทานเกียรติบัตรขั้นที่ 1 ในปี พ.ศ. 2548

โรงเรียนอุทัยวิทยาคมได้น้อมนำเอาแนวพระราชดำริมาขับเคลื่อนการดำเนินงานตามโครงการอนุรักษ์พันธุกรรมพืชอันเนื่องมาจากพระราชดำริ สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี โดยได้มีการแต่งตั้งคณะกรรมการดำเนินงาน เพื่อวางแผนดำเนินงานสวนพฤกษศาสตร์โรงเรียนในแต่ละปีให้เป็นไปตามแผน จัดให้มีแผนงานสวนพฤกษศาสตร์โรงเรียนในแผนงานประจำปีของโรงเรียนที่ชัดเจน มีการจัดการเรียนรู้โดยการวิเคราะห์ความสอดคล้องงานสวนพฤกษศาสตร์โรงเรียนกับหลักสูตรแกนกลางการศึกษาขั้นพื้นฐาน จัดทำแผนการจัดการเรียนรู้และจัดกิจกรรมการเรียนการสอนบูรณาการกับงานสวนพฤกษศาสตร์โรงเรียน ทั้ง 8 กลุ่มสาระการเรียนรู้ โดยเน้นให้นักเรียนได้ลงมือปฏิบัติจริง ได้ศึกษาค้นคว้า สืบค้นข้อมูลเกี่ยวกับพรรณไม้ในรูปแบบต่างๆ ทั้งในโรงเรียนและนอกโรงเรียน เพื่อส่งเสริมให้นักเรียนมีส่วนร่วมและสร้างจิตสำนึกในอนุรักษ์พันธุกรรมพืช และพัฒนาแหล่งเรียนรู้ห้องศูนย์การเรียนรู้งานสวนพฤกษศาสตร์โรงเรียนและพื้นที่ศึกษาให้เป็นแหล่งรวบรวมตัวอย่างพรรณไม้ ข้อมูลพรรณไม้ และเก็บรักษาพรรณไม้ต่อไป