O PAIPS é um site que reúne programas de análises in silico de estrutura e função e de proteínas, incluindo tutoriais detalhados e fluxos de trabalho que orientam desde a obtenção de sequências até a análise funcional, oferecendo suporte completo a estudantes e pesquisadores na condução de estudos in silico de proteínas e no desenvolvimento de candidatos a vacinas, fármacos e inibidores de biomoléculas.

Projeto focado na identificação, caracterização estrutural e compreensão dos mecanismos de ação de peptídeos bioativos de venenos de artrópodes em vias neuronais associados a dor e doenças neurodegenerativas. O objetivo é identificar e desenhar novos peptídeos que possam atuar na redução dos sinais e sintomas dessas doenças. 

Identificação e caracterização de transportadores ABC captadores de nutrientes em bactérias patogênicas, com ênfase em modelagem estrutural tridimensional, predição de cavidades e docking de compostos naturais. O objetivo é esclarecer o mecanismo de interação do transportador com os ligantes e identificar moléculas capazes de inibir a captação e internalização de nutrientes, comprometendo a sobrevivência bacteriana e reduzindo a manifestação de doenças resistentes a antibióticos.

Análise dos mecanismos moleculares do canabidiol (CBD) em felinos e equinos, incluindo predição de proteínas-alvo, docking molecular e dinâmica molecular para avaliar interações e potenciais efeitos moduladores em vias associadas ao controle da dor.

Construção de proteínas quiméricas para vacinas contra bactérias patogênicas, envolvendo identificação de epítopos B e T a partir de proteínas de membrana, análise de antigenicidade, imunogenicidade e toxicidade, além de modelagem estrutural, refinamento e validação in silico. O projeto busca gerar imunógenos multiepitópicos com alto potencial de indução de resposta protetora.

Investigação do papel da irisina na neuroproteção, com modelagem estrutural, predição de interações proteicas e docking molecular para elucidar seus efeitos em processos relacionados a Alzheimer e outras doenças neurodegenerativas.