Está conformada estructuralmente por una Dirección la cual se encarga de dirigir, controlar y supervisar las Coordinaciones de:
Alta Competencia y Recreación
Apoyo Académico
Deportes Sede del Litoral
Así como también las funciones de Administración y la Oficina de Control y Préstamo.
La línea de mando está estructurada jerárquicamente en primera instancia por el Rector, en segunda instancia por el Director de Deportes, y en tercera instancia por cada uno de los responsables de las Coordinaciones y las Unidades de Apoyo adscritas a la Dirección.