El Programa Operativo Anual (POA), es el instrumento técnico y metodológico de planeación que vincula el establecimiento de metas de cada unidad responsable con la programación de su respectivo presupuesto y seguimiento, necesarios para la consecución de los objetivos prioritarios plasmados en el Plan de Desarrollo Institucional. El POA de la Universidad se integra por los programas operativos anuales de las dependencias de la administración central y los de las unidades académicas que deberán contemplar las necesidades de atención prioritaria de cada programa educativo.

El POA forma parte del proceso de planeación, en el que, tras establecer las bases normativas, las unidades académicas y de la administración central planean y registran las metas que esperan alcanzar en cada ejercicio fiscal de manera integral, luego asignan el presupuesto correspondiente para su consecución y durante el ejercicio dan seguimiento a su cumplimiento.

El proceso de formulación y evaluación del POA se desarrolla en tres fases:

1) Programación de metas

2) Programación del presupuesto y, 

3) Seguimiento y evaluación. 

En estas fases, las Unidades Responsables registran sus metas según el catálogo de metas académicas y de gestión; programan sus recursos según el Clasificador por Objeto del Gasto emitido por la Secretaría de Finanzas del Estado de Chiapas, identificando claramente el capítulo y la partida específica del gasto; y, tras iniciarse el ejercicio, reportan mensualmente sus avances en el cumplimiento de sus metas.