Puerto Misahuallí se encuentra aproximadamente a 6 h de la Capital Quito, la vía que conduce a Pto. Misahuallí es la carretera Troncal Amazónica Alterna hasta la ciudad de Tena. De Tena el siguiente paso es dirigirse ya a la Parroquia de Puerto Misahuallí. Las vías están en su totalidad asfaltadas, haciendo que su transcurso sea seguro.
Transporte Público: existen actualmente dos cooperativas de transporte que prestan su servicio de Tena hacia Pto. Misahuallí: la Cooperativa de Transporte Jumandy y la Cooperativa de Transporte de pasajeros Centinela del Tena; estos buses parten desde las 6 a.m., 7 a.m. y en adelante cada 45 minutos. Para dirigirse a Quito existe solo un bus en todo el día, la Cooperativa de Transporte Amazonas ofrece este servicio siendo su único bus que parte hacia la capital a las 8:30 a.m.