Sejarah berdirinya Program Studi Sistem Informasi diawali dengan pemberian izin penyelenggaraan dan pendirian Sekolah Tinggi Manajemen Informatika Dan Komputer (STMIK) AUB Surakarta di Surakarta yang diselenggarakan oleh Yayasan Karya Dharma Pancasila di Surakarta melalui Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Republik Indonesia No. 154/D/O/2002. Memutuskan memberikan ijin penyelenggaraan Program Studi Sistem Informasi untuk jenjang program Sarjana (S1) dan Program Studi Teknik Komputer untuk jenjang program sarjana (S1) tertanggal 2 Agustus 2002. 

Pada perkembangannya, di tahun 2004 mendapatkan perpanjangan ijin dari Menteri Pendidikan Nasional No. 2591/D/T/2004 perihal perpanjangan ijin penyelenggaraan program studi STMIK AUB Surakarta. Perkembangan selanjutnya, pada tahun 2006 Program Studi Sistem Informasi mendapat status akreditasi C sesuai Keputusan BAN-PT No. 08909/Ak-X-SI-008/CAESIM/VII/2006 tertanggal 13 Juli 2006. Kemudian pada tahun 2010 Program Studi Sistem Informasi mendapat status akreditasi C sesuai Keputusan BAN-PT No. 004/BAN-PT/Ak-XIII/SI/VI/2010 berlaku hingga 27 Mei 2015 tanggal ditetapkan 27 Mei 2010. Akreditasi berikutnya yaitu di tahun 2015, Program Studi Sistem Informasi terakreditasi B berdasarkan keputusan BAN-PT No. 773/SK/BAN-PT/Akred/S/VII/2015 berlaku hingga 10 Juli 2020 tanggal penetapan pada 10 Juli 2020. Kemudian pada tahun 2020 Program Studi Sistem Informasi mendapat perpanjangan otomatis dari BAN-PT dengan status Akreditasi B sesuai Keputusan BAN-PT No. 4020/SK/BAN-PT/Ak-PPj/S/VI/2020 berlaku hingga 11 Juli 2025 tanggal ditetapkan 14 Juli 2025.

Pada Tahun 2022 STMIK AUB Surakarta mengalami perubahan kelembagaan menjadi Universitas Dharma AUB Surakarta sesuai dengan Surat Keputusan Menteri Pendidikan, Kebudayaan, Riset dan Teknologi, Republik Indonesia Nomor 258/E/O/2022 tertanggal 8 April 2022 tentang Izin penggabungan STIE AUB, STMIK AUB dan AT AUB menjadi Universitas Dharma AUB Surakarta. Fakultas Ilmu Komputer yang mengelola tiga Program Studi: (1) Program Studi Sarjana Sistem Informasi; (2) Program Studi Sarjana Sistem Komputer dan (3) Program Studi Sarjana Informatika. Program Studi Sarjana Sistem Informasi merupakan program akademik memiliki sarana penunjang Laboratorium Komputer, Jaringan Komputer guna mendukung kompetensi Lulusan Program Studi Sarjana Sistem Informasi.