Program Studi Pendidikan Fisika diselenggarakan pertama kali pada tahun 1984 pada jenjang D3 berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No. 100/DIKTI/KEP/1984 tentang Pembentukan Program Studi Pendidikan Fisika pada Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan, Universitas Nusa Cendana (Undana). Sejak tahun 1994, semua mahasiswa baru berstatus Sarjana S1 dan pada tanggal 12 Mei 2011 dikeluarkan Surat Izin Operasional oleh Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi.
Pada tahun 2018, Program Studi Pendidikan Fisika terakreditasi dengan peringkat B (baik) berdasarkan Surat Keputusan BAN PT No. 2169/SK/BAN-PT/Akred/S/VIII/2018. Kemudian pada tahun 2023 Program Studi Pendidikan Fisika diakreditasi oleh Lembaga Akreditasi Mandiri Kependidikan (LAMDIK), dengan peringkat Baik Sekali berdasarkan Surat Keputusan No. 470/SK/LAMDIK/Ak/S/IV/2023.
Untuk membangun Program Studi Pendidikan Fisika yang bermutu dan kompetitif, koordinator Program Studi, dosen, mahasiswa, pimpinan Fakultas, alumni, dan stakeholder telah menetapkan visi dan misi Program Studi Pendidikan Fisika yaitu menjadi Program Studi yang unggul dalam menghasilkan tenaga pendidik, peneliti, dan kependidikan di bidang fisika yang berkarakter, berilmu, mandiri, dan berwawasan global dalam bingkai lahan kering kepulauan pada tahun 2025.