En las últimas dos décadas, ha habido un aumento significativo en el número de investigadores en las ciencias moleculares computacionales en Colombia. Como resultado, se llevó a cabo el primer Encuentro Nacional de Químicos Teóricos y Computacionales en Pamplona, Norte de Santander, en 2004, al que asistieron 50 participantes de diferentes partes del país.

Desde entonces, se han realizado varias ediciones del evento. La segunda versión tuvo lugar en Calarcá, Quindío, en 2008, y contó con la asistencia de 100 participantes. El tercer encuentro se celebró en San Gil, Santander, en 2010, y acogió a 110 asistentes. En 2012, se llevó a cabo el cuarto Encuentro y la primera Escuela Colombiana de Teoría y Computación en las Ciencias Moleculares en Cali, Valle del Cauca, con la asistencia de 120 participantes. La quinta edición del evento se realizó en Guatapé, Antioquia, en 2014, y asistieron 120 participantes. La sexta edición se llevó a cabo en el campus de la Universidad Nacional de Bogotá en 2016, y contó con la presencia de 130 personas. La séptima edición del evento tuvo lugar en Barranquilla en 2018, con 120 participantes. Debido a la pandemia, la tradición de realizar una nueva edición del evento cada dos años se vio interrumpida. Sin embargo, el VIII Encuentro Nacional de Químicos Teóricos y Computacionales se llevó a cabo en Bogotá del 3 al 5 de mayo de 2023. Se contó la participación de 120 estudiantes, investigadores y profesores de diferentes universidades y centros de investigación. 

La novena edición del evento se realizará en Cartagena de Indias los días 28, 29 y 30 de abril de 2025. El Encuentro proporcionará espacios para discusión, presentación de carteles y charlas cortas por parte de los participantes. En definitiva, este evento es una oportunidad única para el intercambio de conocimiento y la colaboración en el campo de las ciencias moleculares computacionales en Colombia.