Program Magister Pendidikan Islam (MPAI) FITK UIN Syarif Hidayatullah Jakarta beroperasi berdasarkan Surat Keputusan (SK) Direktur Jenderal Pendidikan Islam Kementerian Agama Republik Indonesia Nomor: Dj. I/53/2011 tentang Izin Pembukaan Program Studi Sarjana (S.2) Sejak awal berdirinya, program MPAI telah menerapkan sistem pendidikan dan kurikulum berbasis pembelajaran hasil integrasi ilmu pengetahuan dan pendidikan Islam (pedagogis) secara proporsional dan telah melahirkan banyak mahasiswa Magister PAI yang berdaya saing tinggi dalam pengembangan dan perluasan bidang ilmu PAI.
Program MPAI mengintegrasikan sistem pendidikan humanis interaktif dengan pendekatan pembelajaran berbasis masalah dan penyelesaiannya dengan bimbingan multidose dan profesional di setiap bidang penelitian. Program MPAI juga memfasilitasi kawasan pendidikan yang nyaman dan kondusif serta biaya pendidikan yang lebih besar. Seluruh aspek pelayanan dengan perbaikan terkait memberikan dampak yang relatif signifikan terhadap peningkatan minat mahasiswa tahunnya terhadap program MPAI setiap tahunnya.