Nuestra casa de estudios nace oficialmente el 13 de Junio de 1957, mediante la Resolución Ministerial N° 8406 con el nombre de Instituto Nacional de Comercio N° 34, siendo nombrada como directora la Sra. Rebeca Sarmiento de Baca Rossi y funcionando su primer local en la calle Juan Cuglievan con 229 alumnas.

El 24 de Abril de 1958 se nombra como directora a la C.P.C. Dora Navarro P. aumentando el número de alumnos a 315, trasladándose a un local más amplio en la calle 7 de Enero.

El 01 de Abril de 1959, se nombra como directora a la C.P.C. Srta. Esther Carolina Rodríguez Montañéz.

En el año 1982 cambia de Instituto Nacional de Comercio N° 34 a Colegio Nacional "Santa Magdalena Sofía" ocupando para entonces su propio local en la Av. Salaverry N 306.

Según R.M.N  0372-83-ED el plantel ofrece los servicios educativos en el nivel secundario de menores y adultos, con las variantes de Ciencias y Humanidades y Comercial en las especialidades de Contabilidad, Administración y Secretariado.

En 1995 se nombra como director al Licenciado Jorge Rogelio Torres Zúñiga, quien se desempeñó en el cargo hasta el año 2014.

Mediante R.D. N° 1001-2015 de fecha 04 de marzo de 2015, se designa como directora a la maestra Mónica del Rosario Amaya Cueva, quien luego de dos años renuncia al cargo el 11 de enero de 2017.

A partir del 01 de marzo de 2017, se encarga la dirección del plantel a doña Magaly Margarita Romero Dávalos, desempeñando dicha encargatura hasta el 31 de diciembre de 2018.

Desde el 01 de febrero de 2019, mediante R.D. N° 6132-2018 se designa como director al maestro César Manuel Chapoñán Damián, quien renuncia al cargo el 30 de diciembre de 2020.

Durante el año 2021, se encarga la dirección del plantel a doña Arabella Lisboa Acosta, desempeñando dicha encargatura hasta el 31 de diciembre de 2021.

Mediante R.D. N° 4402-2021, se reasigna como director a  Carlos Alberto Yampufé Requejo, desde  enero 2022 hasta  el  31 de diciembre de 2023.

Con R.D. Nº 009209-2023, se designa   por un periodo de  4 años  como  director  a  José  Luis  Alcántara  Velásquez , desde  enero de  2024  hasta  el  31.12.2027.

Las estudiantes al egresar de la Institución Educativa obtienen un Diploma de Auxiliar Técnico en las especialidades en mención.

La población estudiantil es de 2,109 estudiantes distribuidas en 70 aulas sus respectivos turnos.

En la actualidad la Institución Educativa cuenta una moderna infraestructura inaugurada el año 2022 con tres centros de cómputo, los mismos que brindan el servicio de Internet, también cuenta con un laboratorio de Biología y Química, Biblioteca y auditorio. Actualmente nuestra Institución Educativa ha sido incorporada a las Instituciones Emblemáticas con R.M.N° 0154-2011-ED.

Entre las Instituciones internas, cuenta con un Club de Radio y Periodismo, Brigadas Caceristas, Guías Scout, Brigadas de Defensa Civil y Primeros Auxilios.