Estudantes de graduação devem optar por uma dentre as quatro opções de curso para ingresso que a Universidade oferece: o Bacharelado em Ciência e Tecnologia, o Bacharelado em Ciências e Humanidades, a Licenciatura em Ciências Humanas ou a Licenciatura em Ciências Naturais e Exatas. Graduandos iniciam sua formação, necessariamente, imersos em uma matriz curricular que tem como eixo norteador a proposta de comunicação e integração entre diferentes áreas do conhecimento, buscando promover a formação de indivíduos dotados de uma visão crítica que aproxime conhecimentos tradicionalmente isolados em ciências sociais, ciências humanas, ciências exatas e ciências biológicas.

Juntamente com o Ensino, a Pesquisa e a Extensão Universitária constituem, também, pilares-base da Universidade, atuando de forma indissociável, ainda que funcionalmente independentes. Tem-se, portanto, uma intersecção de três diferentes abordagens que englobam, de maneira conjunta, a produção e consolidação de conhecimento científico, o desenvolvimento de tecnologias e soluções que atendam às necessidades emergentes da comunidade e a expansão dos limites da Universidade através de intervenções sociais de caráter científico, educativo e cultural.

Para além do projeto pedagógico centrado na interdisciplinaridade, a integração promovida entre o corpo docente, discentes e pesquisadores de diferentes áreas do conhecimento se dá também através da organização física dos espaços da UFABC. Em contraposição ao modelo tradicional que é seguido por diversas universidades-referência brasileiras, a organização dos centros acadêmicos na UFABC segue uma lógica também interdisciplinar: o CMCC (Centro de Matemática, Computação e Cognição), o CCNH (Centro de Ciências Naturais e Humanas) e o CECS (Centro de Engenharia, Modelagem e Ciências Sociais Aplicadas) tomam o lugar dos tradicionais institutos universitários ultra especializados, a fim de integrar - ao invés de segregar - diferentes programas de educação e pesquisa.