La primera instalación en ser inaugurada de la EMCS fue el Hospital San José en 1969. Pero en realidad su historia se remonta muchos años atrás, ya que la idea original surgió cuando a un conocido de Don Ignacio, se le detectó cáncer. 

De acuerdo con Oscar Ramos, director de Operaciones del Hospital San José, Don Ignacio, quien fue un destacado empresario de los años 60s, originalmente planteó la construcción de un centro para combatir específicamente la enfermedad, sin embargo, tomó la decisión de modificar el proyecto para convertirlo en un hospital general con capacidad de 100 camas.

En el año de 1975, Don Ignacio A. Santos, concibió la idea de crear un hospital general y la llevó a la realidad.

Con el objetivo de conservar al propio hospital como una institución de medicina privada que apoyara al desarrollo de la educación en salud, abrió la Escuela de Medicina y se designó al Hospital San José como el hospital escuela para el entrenamiento clínico de los alumnos. Para este momento, la institución fue nombrada Escuela de Medicina Ignacio Santos (EMIS).

En el año 1978 los señores Don Ignacio Santos y su esposa, Doña Consuelo de la Garza, instituyeron la Fundación Santos y de la Garza Evia como una institución dedicada al diagnostico, tratamiento e investigacion de padecimientos oncologicos.

En este mismo año, Don Ignacio y Doña Evia decidieron ceder y confiar la administración del hospital, la escuela y la fundación al Tecnológico de Monterrey, teniendo el objetivo principal de impulsar el desarrollo educativo de Medicina y Ciencias de la Salud en la institución. 

El objetivo que los fundadores visualizaron fue que el Tecnológico de Monterrey pudiera convertir a los cimientos que crearon en Monterrey en el Centro Médico de América Latina, tomando como referencia la relevancia médica que tiene el estado de Houston en Estados Unidos. 

Esta historia es una parte fundamental y un gran legado de lo que es al día de hoy la Escuela de Medicina y Ciencias de la Salud, pues al día de hoy, a la institución se le sigue nombrando “EMIS”, así como a sus integrantes, como profesores y alumnos, también se les nombre “EMIS” con un número agregado dependiendo de a la generación a la que pertenezcan.