本校為天主教聖吳甦樂女修會在花蓮地區所創辦的一所私立學校,本著修會照顧弱勢學生,啟發學生多元知能,發展全人教育,讓孩子能有服務奉獻、敬天愛人的精神為辦學目標。
1950年代,費聲遠神父被羅馬教廷派駐花蓮;隨後,他與陸續前往當地的修女共同籌創學校。
1959年,奉准創校,定名為「花蓮縣私立海星女子初級中學」,只招收初中部女性學生。
1959年,第一任校長為秦愛梅校長。
1962年,增設高中部,更名為「花蓮縣私立海星女子中學」。
1966年,第二任校長林綺雲校長到任。
1968年,第三任校長陳安琪校長到任。
1969年,改名為「花蓮縣私立海星中學」;為配合國民教育實施及解決修生就學問題,自國中部增收男性學生。
1970年,第四任校長許慧明校長到任。
1971年,第五任校長陳安琪校長到任。
1974年,第六任校長秦愛梅校長到任。
1976年,為配合地區之需要及發展增設高職部,增「服裝」、「幼兒保育」二科,以培養服飾設計人才及幼兒保育師資。
1978年,配合學生實習,附設幼稚園。
1979年,第七任校長林綺雲校長到任。
1980年,改名為「臺灣省花蓮縣私立海星高級中學」。
1981年,第八任校長戴志成校長到任。
1986年,第九任校長黃龍章校長到任。
1987年,增設美工科,並兼收男生,以培養美術設計人才。
1989年,第十任校長王彩俶校長到任。
1995年,第十一任校長藍振芳校長到任。
1996年,獲教育部選定試辦「綜合高中」,並增設「資料處理科」,設有幼兒保育學程、服裝設計學程、資訊應用學程、應用英語學程、廣告設計學程、美工學程等六大職業學程。
2004年,設普通科、幼兒保育科、資料處理科、綜合高中部(幼兒保育、服裝設計、資訊應用、應用英語、廣告設計、美工等六個學程)、國中部,全校總人數達1836人,首次創下學生人數最多之記錄。
2004年,第十二任校長林福樹校長到任。
2005年,榮獲『教育部綜合高中教育評鑑』評定為優等,全國私校排名第二。
2005年,設普通科、幼兒保育科、資料處理科、綜合高中部(幼兒保育、服裝設計、資訊應用、應用英語、廣告設計、美工等六個學程)、國中部,學生人數達2156人,再創學校新高。
2006年,普通科一般班級增為五班,綜合高中維持六班,職業科停招。
2007年,榮獲教育部評選為『優質高中』。
2007年,榮獲『綜合高中校務評鑑』優等(全國2校特優,18校優等)。
2008年,再次榮獲教育部評定為『優質高中』。
2010年,獲教育部核定為「焦點創新高中」。
2013年,第十三任校長孔令堅校長到任。
2013年,獲教育部評定為「生命教育特色學校」。
2014年,獲教育部評定為「生命教育特色學校」。
2016年,增設「多媒體設計學程」,綜合型高中共計有幼兒保育學程、服裝設計學程、資訊應用學程、應用英語學程、廣告設計學程、多媒體設計學程、美工學程等七大職業學程。
2017年,獲教育部評定為「十二年國民基本教育課程綱要前導學校」。
2017年,獲教育部評定為「生命教育特色學校」。
2017年,增設「普通型高中原住民族教育實驗班」。
2019年,停辦「美工學程」,綜合型高中共計有幼兒保育學程、服裝設計學程、資訊應用學程、應用英語學程、廣告設計學程、多媒體設計學程等六大職業學程。
2020年,獲選SIEP2.0試辦學校。
2021年,第十四任校長陳海鵬校長到任。