Simulators

シミュレーター / Simulators

本サイトでは、細菌の走化性、べん毛形成、べん毛モーターの回転特性を理解・解析するためのシミュレーターを公開しています。研究・教育の両方で利用できるよう、直感的な操作と可視化を重視して設計しています。

This website provides interactive simulators for understanding and analyzing bacterial chemotaxis, flagellar assembly, and flagellar motor rotation. These tools are designed for both research and educational purposes, with an emphasis on intuitive operation and visual representation.

1. Chemotaxis Simulator

https://yvm001-biophys.github.io/chemosim/

細菌が化学物質を感知し、運動方向を変化させる「走化性」を再現するシミュレーターです。

受容体、CheA–CheY–CheZシグナル伝達系、モーターの回転切替、べん毛束の形成・解離までを統合的に可視化し、刺激に対する細菌の運動応答を解析できます。

An interactive simulator of bacterial chemotaxis, in which cells sense chemical signals and change their swimming behavior.

The simulator integrates receptor signaling, the CheA–CheY–CheZ pathway, motor switching, and flagellar bundle formation and disruption, allowing users to visualize and analyze bacterial responses to chemical stimuli.

2. Flagellar Assembly Map

https://yvm001-biophys.github.io/flagellar-assembly-map/

細菌べん毛を構成する遺伝子・タンパク質と、その形成過程を可視化するツールです。

特定の遺伝子を欠損させた場合に、べん毛形成のどの段階で異常が生じるかを確認でき、野生型との比較や追加観察の検討にも利用できます。複数の細菌種におけるべん毛構成の比較にも対応しています。

An interactive tool for visualizing the genes, proteins, and assembly processes involved in bacterial flagellum formation.

Users can explore how deletion of specific genes affects flagellar assembly, compare mutant phenotypes with the wild type, and identify potential targets for further experimental observation. The tool also supports comparison of flagellar components among multiple bacterial species.

3. Flagellar Rotation Measurement Simulator

https://yvm001-biophys.github.io/FlagellaScope/

顕微鏡観察などから得られるべん毛モーターの回転データを理解・解析するためのシミュレーターです。

イオン駆動力、負荷、モーター特性などの条件を変更しながら回転速度やトルクを計算し、トルク–スピード曲線上での状態を可視化できます。実験条件の検討や測定結果の解釈にも利用できます。

A simulator for understanding and analyzing the rotational behavior of bacterial flagellar motors observed in microscopy-based experiments.

Users can modify parameters such as ion motive force, mechanical load, and motor properties to estimate rotational speed and torque and visualize the predicted state on a torque–speed curve. The simulator can also be used to explore experimental conditions and interpret measured motor behavior.