2018/12/23 追記
BulkVectorExport の方が使いやすい
2018/12/16 QGIS 3.4
http://plugins.qgis.org/plugins/bulkvectorexportwithstyle/
QGISに表示している全てのベクタレイヤをGeoJsonとしてエクスポート
アイコンをクリックし、エクスポート先を設定すると、プロジェクト名のzipファイルが生成される
GeoJsonファイルと、スタイルを記録したSLDファイル。レイヤの順序などが記録されたmetadataが入っている