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Affiliation
UMR1334 AGAP Institut, Univ Montpellier, CIRAD, INRAE, Institut Agro
Equipe Diversité, Adaptation et Amélioration de la Vigne (DAAV)
Avenue d’Agropolis
34398 Montpellier Cedex 05, France
email : vincent.segura(at)inrae.fr
Fonction Chargé de Recherche de Classe Normale (CRCN)
Diplômes
2022, HDR, Université de Montpellier.
2007, Doctorat, Biologie Intégrative de Plantes; Montpellier SupAgro.
2004, Master, Développement et Adaptation des Plantes : Biologie Moléculaire et Intégrative. Université de Montpellier II.
Thématique de Recherche
Analyse de la diversité génétique de la vigne à l’échelle du génome entier et exploitation en sélection :
- Architecture génétique des caractères d'intérêt
- Méthodes innovantes pour l'amélioration génétique
- Prédictions génomique et phénomique
- Biologie intégrative
Recherches antérieures
2009-2010 & 2011-2019, Chargé de Recherche, Biologie intégrative de la production de biomasse chez le peuplier, UMR588, BioForA, IINRAE, ONF, Orléans, France.
2010-2011, Postdoc, Développements méthodologiques pour les études d'association pangénomiques, Groupe Nordborg, Gregor Mendel Institute for Molecular Plant Biology, Vienne, Autriche.
2008-2009, Postdoc, Génétique et amélioration d'Artemisia annua pour la production d'une molécule antipaludique, l'artemisinine, Projet Artemisia, Université de York, Royaume-Uni.
2004-2007, Doctorat, Déterminisme génétique de l'architecture du pommier, UMR DAP, INRA - Montpellier SupAgro, Montpellier, France.
Contrats
- OASIs (CASDAR Semences et sélection végétale, 2021-2024), coordinateur du projet
- SelGenVit (ANR Ecophyto - Maturation, 2020-2023), coordinateur du WP2
- G2WAS (ANR-19-CE20-0024, 2020-2024), co-coordinateur du WP4
- EPITREE (ANR-17-CE32-0009, 2018-2022), co-coordinateur du WP2
- EPINET (INRAE Metaprogramme SelGen, 2018-2021), coordinateur du projet
- TOPWOOD (H2020-MSCA-RISE-2014-645654, 2015-2019), coordinateur du WP3
- SYBIOPOP (ANR-13-JSV6-0001, 2014-2018), coordinateur du projet
Enseignement
- Participation à l'atelier "Prédiction Génomique", option APIMET cursus Ingénieur de l'Institut Agro, spécialté SEPMET du master 3A de l'Institut Agro et option PIST du cursus Ingénieur d'AgroParisTech, depuis 2020
- Introduction aux études d'associations pangénomiques (GWAS), option APIMET cursus Ingénieur de l'Institut Agro et spécialté SEPMET du master 3A de l'Institut Agro (3h), depuis 2020
- Introduction aux études d’associations pangénomiques dans un contexte multi-environnemental, option APIMET cursus Ingénieur de l'Institut Agro et spécialté SEPMET du master 3A de l'Institut Agro (avec Muriel Tavaud, Cours + TD 6h), depuis 2021
- Biostatistiques, Master Agrosciences, Environnement, Territoires, Paysage, Forêt, Université d'Orléans (11h), 2014-2019
- Formation "Logiciel R", INRA Val-de-Loire, Orléans, 2012-2019
- EVOLTREE Summer School, Next-generation sequencing for beginners: applications to population genetics, forest health and tree breeding, Valladolid, Espagne, 17-19 Juin 2013
- EVOLTREE Summer School, Genome-wide association studies using mixed models, Uppsala, Suède, 5-7 Sept 2012.
- Travaux Pratiques, Montpellier SupAgro, Acquisition et analyse de l'architecture des arbres et de données expérimentales, 2006 & 2007.
Relecture d'articles pour Nature Communication, News Phytologist, Heredity, Molecular Ecology, BMC Plant Biology, BMC Genomics, BMC Bioinformatics, Tree Genetics and Genomes, Bioenergy Research, Annals of Forest Sicence et Silvae Genetica
Encadrement
Post-docs
- 2016-2018, Aurélien Chateigner, Génétique quantitative de la variation transcriptomique chez le peuplier noir. Co-encadrement avec L. Sanchez.
Thèses
-2021-, Flora Tavernier, ED GAIA, Institut Agro, Montpellier, Metab'EAU : Variabilité génétique du métabolome du raisin en réponse à une contrainte hydrique. Co-encadrement avec C. Romieu.
- 2019-, Abdou Rahmane Wade, ED ABIES, AgroParisTech, Amélioration de la précision de prédiction pan-génomique du phénotype par une approche de biologie des systèmes. Co-encadrement avec L. Sanchez et H. Duruflé.
- 2018-2021, Charlotte Brault, ED GAIA, Institut Agro, Montpellier, Sélection génomique appliquée à la vigne. Co-encadrement avec A. Doligez, L. Le-Cunff et P. This.
- 2014-2017, Mesfin Nigussie Gebreselassie, Université d'Orléans, Genetic architecture of lignocellulosic biomass yield and quality in black poplar for its use in biorefinery. Co-encadrement avec C. Bastien.
- 2009-2013, Redouane El Malki, Université d'Orléans, Architecture génétique des caractères cibles pour la culture du peuplier en taillis à courte rotation. Co-encadrement avec C. Bastien et V. Jorge.
Stages
- 2021, Theresa Herbold, Master 2, Plant Science, Université d'Hohenheim, Variabilité phénomique des baies de raisin basée sur la spectroscopie dans le proche infrarouge (SPIR) dans un plan de croisement demi-diallèle.
- 2021, Virgilio Freitas, Master 1, 3A, parcours sélection et évolution des plantes méditerranéennes et tropicales, Institut Agro, Montpellier, Phénotypage à haut-débit de caractères fonctionnels chez la vigne en vue de caractériser la variabilité génétique de sa réponse aux contraintes liées au changement climatique. Co-encadrement avec A. Coupel-Ledru.
- 2021, Miguel Thomas, Ingénieur INP-ENSAT spécialité Agrobiosciences Végétales, reuve de concept de l'utilisation de données phénomiques comme outil d'aide à la sélection dans un plan de croisement demi-diallèle chez la vigne. Co-encadrement avec L. Le Cunff.
- 2020, Juliette Lazerges, Ingénieur INP-ENSAT spécialité Agrobiosciences Végétales, Prédictions génomique et phénomique inter-population chez la vigne. Co-encadrement avec C. Brault, A. Doligez et L. Le Cunff.
- 2016, Souhila Amanzougarene, Master 2, Bioinformatique et Génomique, Université de Rennes 1, Etude de la diversité nucléotidique de séquences transcrites chez le peuplier noir. Co-encadrement avec O Rogier et V. Jorge.
- 2015, V Simonot, Master 2, Biologie des Organismes, Populations et Écosystèmes, Université d'Orléans, Développement d’une méthode de phénotypage haut débit par spectrométrie proche infrarouge pour la détermination de la durabilité naturelle chez le mélèze (Larix sp.). Co-encadrement avec LE Pâques et JP Charpentier
- 2013, Siham Balit, Master 1, Biologie des Organismes, Populations et Écosystèmes, Université d'Orléans, Etude de la variabilité de l'aptitude à former du bois de tension chez 10 clones de peuplier. Co-encadrement avec JP Charpentier.
- 2012, Violaine Murciano, Master 1, Statistiques et Recherche Opérationnelle, Université d'Orléans, Construction de modèles de prédiction des propriétés du bois de peuplier à partir de données de spectrométrie en moyen-infrarouge.
- 2010, Justine Guet, Master 1, Écosystèmes Terrestres, Université d'Orléans, Etude de la variabilité de l'aptitude à former du bois de tension chez différents génotypes de peuplier. Co-encadrement avec G Pilate and F Laurans.
- 2006, Randa Hammou-Ahabchane, Master 2, Génie Statistique et Informatique, Université d'Aix-Marseille I, Identification de prédicteurs des premières floraisons dans une descendance de pommiers au moyen de modèles linéaires. Co-encadrement avec E Costes.
- 2005, Mayeul Milien, Master 1, Biologie Fonctionnelle des Plantes, Université de Montpellier II. Héritabilité et corrélations génétiques des caractères architecturaux dans une descendance de pommiers. Co-encadrement avec E Costes.