Tujuan dan strategi Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI) di Universitas Iqra Buru tertuang dalam Peraturan Rektor dengan langkah penjaminan mutu sebagai suatu siklus. Pedoman pelaksanaan SPMI diterbitkan oleh Badan Penjaminan Mutu Akademik Universitas Iqra Buru untuk menjadi acuan setiap unit kerja dari tingkat Universitas, Fakultas dan setiap Program Studi. Dalam pelaksanaan SPMI UNIQBU sejak tahun 2019, UNIQBU telah menetapkan standar, melakukan evaluasi internal, mengendalikan dan meningkatkan standar mutu secara bertahap dan berkelanjutan.