У сиву-пресиву давнину силами природи утворилася справжня між гірська улоговина між Полонинським і Вігорлато-Гутинським хребтами, закрита з півночі і півдня високими горами. За свій порівняно теплий і сухий клімат вона стала освоюватись людьми ще з кам’яного віку.
В околицях Перечина відкрито археологічні знахідки кам’яного, середнього кам’яного віків, могильники мідного і ранньозалізного віків в урочищах Гори, Сімерські Березини та ін. Варто прислухатися і до народних переказів, що оповідають: первісні мисливці оселялися на віддалених лісових галявинах гори Плішка, урочищах Ясіня, Кодабини.
За переказами, осередками давні поселень були в основному на довколишніх пагорбах, бо роздолля рівнини було у володіннях повноводної річки Уж. Перші писемні згадки про Перечин зустрічаються в грамотах, описах володінь, податкових даних 1266, 1399, 1425 років. Точно не відомо, коли засновано село. Мабуть, доцільно вести такий відлік з першої дати, коли воно згадується у латинському тексті як „terra dominia Pereche” (землеволодіння Переча).
У 2006 році Перечину виповнилося 740 років. Зрозуміло одне – село вже було сформовано у період першої літописної згадки по Невицький замок 1317 року. Руїни його, що височать на горі понад річкою Уж, при в’їзді у район із заходу, вартують вузьку улоговину та прадавній торговий шлях з Ужанської долини, що пролягав через Перечин на Невицький замок.
Існують протилежні думки про назву Перечина: від прізвища землевласника, перетину доріг та злиття рік Уж і Тур’я, дехто – від слова „перечити” (спірні судові питання про землеволодіння між перечницями і сімерянами), або ж від слова „перечиняти” – заново перебудовувати. У нас є своя версія з приводу цього: здавна село поділяли на дві половини – „верхній і нижній кінець”. Останню частину іменували прашницею, тобто висушеним болотом. Саме прашниця давала знати дозорним Невицького замку про наближення ворожої кінноти здійнятою пилюкою – „перич” (спершу) сповіщало про небезпеку. Як би там не було, ймення села явно слов’янського походження.
В Унґський комітат входили села Ужанської і Тур’янської долин. Наприкінці ХІІІ століття комітатом володів Петенко (надалі - один із керівників повстання проти угорського короля). Після придушення опору комітат потрапив у володіння Другета.
Згідно з даними 1427 року, селяни були оподатковані від 30 наділів. У 1323-1691 роках Перечин входить у Невицьку домінію.
З другої половини ХVI століття кількість жителів різко зменшується (в 1567 р. Було оподатковано тільки 2 обійстя на повних ділах, 11 – на половинних). Такі ж „білі плями” спостерігаються і в інших селах. Можливо, на ту пору випал спалахи холери, падіж худоби, посуха, неврожаї?
Завдяки чотирьом шолтесам, які залучили нових переселенців, у 1599 році в селі було 65 господарств. Відтоді в писемних джерелах латинської транскрипції село відоме під назвами “Perech”, “Perechnje”, “Pereche”.
Експлуатація селян викликала хвилю невдоволення. В історії Перечина відомий бунтар Волкай, загін якого брав участь у селянській війні в Угорщині 1514 року. У 1631-1632 роках очолив повстанців М. Пастеляк, а загін І. Беци наводив жах на польську шляхту та угорських магнатів (в історичних піснях та переказах згадуються його сподвижники – О. Пастеляк, В. Довбей, Ф. Ганчак). Між іншим родини Петенків, Волкаїв, Пастеляків, Довбеїв, Ганчаків і понині проживають у Перечині. У 1672 році віська Текелі спалили багато хат селян. У 1692-1693 роках – нашестя сарани, у 1695 році – вимерзло жито, у 1700-1703 роках – лютував голод.
На межі XVI-XVII ст. Перечин став одним із найбільших сіл Ужгородщини.
У зв’язку з неврожайними роками, поширення холери та війною 1703-1711 роках, населення різко зменшилося – податкові списки зафіксували тільки шість селянських і чотири желярські господарства.
Після поразки визвольної війни проти Габсбургів, колишні володіння Другетів, які перейшли до М. Берчені – головнокомандуючого куруцькими військами, - конфіскували на користь австрійської казни. Була утворена Ужгородська казенна домінія, і всі кріпосні повинності виконувалися на її користь.
Ще у 1631 році Унґський комітат був поділений на два дистрикти або крайни: на Верхню (Верховину – processus superior) і Нижню (processus inferior).
У 1671 році були утворені три дистрикти: Krajna superior seu Verchovina, Krajna mediocris seu Turjamente, Krajna inferior seu Ungmente. Відтоді Перечин став центром дистрикту Тур’янської долини, до якого увійшли сім навколишніх сіл.
У 1819 році у Перечині проживали 104 сім’ї – всього 674 мешканці, в 1829 році 895 мешканців. У географічному словнику Угорщини 1839 року Перечин згадується так: „Руське село в Ужанському комітаті... 70 – римо-католиків, 759 – греко католиків, 76 – євреїв. Греко-католицька парохіальна церква. Добувається мармур і вапняк. Надвірна контора. Землевласник – державна казна”.
У 1752 році історичні джерела згадують дерев’яний Свято-Миколаївський храм, що мав два дзвони і всі належні ікони. Орієнтовно він був розташований там, де тепер на цвинтарі стоїть старовинний дубовий хрест. Теперішню муровану базилічну церкву споруджено на стрімкому пагорбі Гурка обіч центра Перечина. Поруч – одноярусна дзвіниця зі старовинними дзвонами.
Наприкінці XVIII-XIX ст. Перечинщина втягується в ринкові відносини. Цьому сприяли недоторкані праліси та корисні копалини (мармур, каолін, вапняковий камінь, залізна руда). Значне місце займало виробництво поташу. Швидко розвивається деревообробна промисловість. На тартаку виготовляли дошки, шпали, дранку, вікна, двері. У 1831, 1873-х роках у селі поширюється холера, в 1881 році – скарлатина.
У другій половині ХІХ ст. парохом у церкві був о. Чопей. У 1872 році відкрито початкову школу. В 1903 році у селі проживало понад дві тисячі чоловік.
У 1872-1904 роках тривало будівництво залізничної колії Ужгород-Великий Березний. Це стало стимулом до спорудження в Перечині у 1893 році акціонерного лісохімічного заводу „Бантлін” – налагоджено виробництво деревного вугілля, спирту, ацетону. У 1898 році перевуглено 100 тисяч кубометрів дров. Надалі потужності зростали. Для постачання букової деревини в 1897-1902 роках прокладено вузькоколійку по долині потоку Вулшава – 7,8 км. У 1913 році стала до ладу колія Перечин-Т’урянська долина-урочище Прелуки під полониною руною – 34 км., крім відгалужень.
У ХІХ – на початку ХХ ст. в Перечині оселилися сім’ї фахівців – італійці, німці, угорці, словаки. У 1906 році лісохімзавод сприяв будівництву римо-католицького костелу св. Августина. Кам’яні мури нинішньої філії „Ощадбанку” нагадують, що тут була синагога.
У 1928-1930 роках споруджено горожанську школу. Першим директором горожанки і організатором „Просвіти” став П. Яцко.
У 1930 році в Перечині проживало 2581 чоловік. У 30-х роках старостою села був Іван Качала, у той період електрифіковано Перечин, облаштовано русло потоку Вулшава. У період Карпатської України його обрано членом Сойму. У березні 1939 року – окупація Закарпаття фашистською Угорщиною. Для перечинців ця весна стала кривавою – розстріляно вісім січовиків і просвітян у Ворочові-Яслиці. В пам’ять полеглих тут встановлено Меморіальний хрест. У 1942 році фашисти влаштували в селі катівню. У роки війни багатьох перечинців – утікачів в СРСР – очікували пастки сталінських ГУЛТАБів.
Радянські війська визволили Перечин від фашистських загарбників 27 жовтня 1944 року. З тих пір Перечин – центр округу, в 1947 році набув статусу селища і районного центру.
Перша печатка Перечина датується 1823 роком – у верхній частині зображено церкву, три дерева і людська постать (мабуть робітник на виплавлювані вапна), напис “Perechin helseg pecet” (печатка поселення Перечин). Цей же сюжет, тільки в іншій конфігурації, зображено на печатці 1873 року.
Сучасний прапор і герб Перечина затверджено в 1999 році.