Encadrements d'activités de recherche

Jusqu'à présent : 3 ingénieurs-chercheurs permanents, 6 post-doctorants, 7 doctorants, 3 ingénieurs en CDD, 1 scientifique en visite et 15 stagiaires. 

Non-permanents et jeunes chercheurs

1. Alicia Lionneton (Doctorante à l'UGA): Artificial intelligence based alignment of separative dimensions for clinical mass spectrometry  ( Novembre 2023 - Novembre 2026, co-encadrée par Christophe Bruley)

2. Henry Webel (visting scientist, PhD student, Copenhaguen University): Imputation of single-cell proteomics data (3 months, May-July 2023).

3. Simon Paul (Stagiaire M2 AI for One Health, UGA): Comparisons of protein-centric and peptide-centric workflows for the statistical analysis of label-free MS-based proteomics data (6 mois, printemps-été 2023, co-encadré avec Yohann Couté).

4. Lucas Etourneau (Doctorant à l'UGA): Multi-omics transfer learning to extend proteomics coverage beyond mass spectrometry quantitation limits (3 ans, à partir de Novembre 2020).

5. Enora Fremy (CDD UGA): Statistical software developer for omics biology data analysis (17 mois, à partir de Novembre 2019).

6. Laura Fancello (post-doctorante, Data Institute Junior Chair, UGA): Fuzzy set theory for multi-omic integration in onco-proteogenomics (30 mois, à partir de Septembre 2019).

7. Romain Guibert (Stagiaire Ensimag 2A): Apprentissage large-échelle sur des données de spectrométrie de masse pour la protéomique (3 mois, été 2018).

8. Hélène Borges (Doctorante à l'UGA): Development of statistical methods for the processing of time-course clinical proteomic data (3 ans, à partir de Janvier 2018; prolongement de 4 mois).

9. François Carrière (Stagiaire M2 spécialisé): Développement d'un noyau semi-défini positif et respectant la RIP dans un contexte de factorisation de matrices (5 mois, printemps 2017, co-encadré avec Thomas Fortin).

10. Olivier Lagneau (Stagiaire M2 spécialisé): Développement d'une architecture logicielle JAVA adaptée à la gestion des gros volumes de données en parallèle (6 mois, printemps 2017, co-encadré avec Thomas Fortin).

11. Olga Permiakova (Doctorante à l'UGA): Scalable computational methods for big proteomics data: application to demultiplexing of mass spectrometry signals (3 ans, à partir de Novembre 2016; prolongement de 10 mois).

12. Iban Fouad Djama (Stagiaire de M2): Visualisation et traitement de signaux de spectrométrie de masse pour le séquençage de protéines (6 mois - printemps 2016, co-encadré avec Thomas Fortin).

13. Hugo Fortin (Stagiaire de L3): Développement d’une librairie JAVA pour la parallélisation des opérateurs de base en algèbre linéaire (2 mois, été 2015, co-encadré avec Thomas Fortin).

14. Alexia Dorffer (Stagiaire de L3): Développement et diffusion du logiciel de statistique pour la protéomique ProStaR (6 mois, printemps 2015, co-encadré avec Samuel Wieczorek).

15. Shivani Shah (Stagiaire de M2 au LIG): Visual analytics for peptide-based proteins inference (6 mois, printemps 2015, co-encadré avec Renaud Blanch et Jean-Philippe Menetrey).

16. Quentin Giai Gianetto (post-doctorant, sous contrat INSERM) : Test d'hypothèse et correction pour tests multiples en proteomique quantitative (2 ans, à partir d'Octobre 2014 - co-encadré avec Yohann Couté).

17. Hatem Loukil (Doctorant à l'université de Sfax) : Modèles graphiques pour l'identification automatique de peptides à partir de spectrogrammes de fragmentation (3 ans, à partir d'Octobre 2013 - co-encadré avec Yousri Kessentini et Mohamed Tmar).

18. Jimmy Vandel (post-doctorant, sous contrat CEA) : Extraction du signal de quantification des peptides à partir de données de spectrométrie label free pour la sélection de protéines différentiellement exprimées (18 mois à partir d'Octobre 2013 - co-encadré avec Yohann Coute).

19. Cosmin Lazar (post-doctorant, sous contrat CEA) : Apprentissage et prediction de la localisation subplastidiale de protéines à partir de données de protéomique quantitative différentielle (18 mois à partir d'Avril 2013 - co-encadré avec Myriam Ferro).

20. Khawla Seddiki (stagiaire en M2 à l'université de Montpellier) : Application de méthodes de sélection de variables pénalisée à des quantifications de protéines pour la découverte de bio-marqueurs (6 mois à partir d'Avril 2013)

21. Van Sang Dao (stagiaire en M2 à l'Institut Francophone d'Informatique) : Définition de co-similarités à partir de marches aléatoires sur les graphes bipartis sur des données "omics"  (6 mois, printemps 2013 - co-encadré avec Gilles Bisson).

22. Valère Alibert (Doctorant à l'UBS) : DyDom : Gestion intelligente et dynamique de la consommation énergétique d'un habitat domotisé (3 ans, à partir de la rentrée 2012 - co-encadré avec Pascal Berruet et Mounir Lallali).

23. Mathieu Simonet (Post-Doctorant à Télécom Bretagne) : Reconnaissance de gestes pour émissions de télévision interactives (10 mois à partir de mars 2011).

24. Johann-Dan Laurent (Stagiaire en Master 2 ISD à l'UBS) : Apprentissage actif pour l’annotation de fichiers multi-modaux : application à la Langue Parlée Complétée ou à la Langue des Signes Française (6 mois an à partir de janvier 2011).

25. Mohamed-Ikbel Boulabiar (CDD ingénieur à Telecom Bretagne) : Interfaces Homme-Machine mixtes tactiles et gestuelles (15 mois, à partir de septembre 2010 - co-encadré avec Gilles Coppin). 

26. Wilfried Despagne (Post-Doctorant à l'UBS et intervenant pour MGDIS) : Mise en correspondance d’ontologies pour les métadonnées statistiques (18 mois à partir de juillet 2010).

27. Willy Allègre (Doctorant à l'UBS) : INTELHOM : Approche composant pour la gestion intelligente d’un habitat domotisé (d'octobre 2009  à octobre 2012 - co-encadré avec Pascal Berruet). Prix IFRATH (Institut Fédératif de Recherche sur les Aides Techniques pour personnes Handicapées) de la meilleure thèse.

28. Mohamed-Ikbel Boulabiar (Stagiaire en Master 2 IHM à Telecom Bretagne) : Reconnaissance de gestes pour interaction TV 3D (4 mois en 2010 - co-encadré avec Gilles Coppin).

29. Adyl Kenouche (Prestataire de service en informatique) : Intégration logicielle du prototype du projet TELMA (4 mois, de décembre 2007 à mars 2008).

30. Pierre Lemaire (Stagiaire en Master 2 Recherche Intelligence Artificielle de l'UJF) : Etude de la pertinence topologique des descripteurs d'images utilisés dans les algorithmes de détection de visages par apprentissage (5 mois en 2008 - co-encadré avec Alice Caplier).

31. Pierre Lemaire (Stagiaire en dernière année d'école d'ingénieur à l'Ensimag) : Développement d'une application de reconnaissance gestuelle pour malentendants (5 mois en 2007).

32. Alexandra Urankar (Stagiaire en Master 2 Recherche et école d’ingénieur à l'ENSERG/Phelma) : Développement & optimisation d'une application de traitements d'images temps réel pour une application de téléphonie à l'usage des malentendants (6 mois en 2006).

Permanents

1. Thomas Fortin (Ingénieur-Chercheur en CDI au CEA) : Affecté à 100% sur le projet Reveal-MS de Aout 2014 à Juillet 2018.

2. Florence Combes (Ingénieur-Chercheur en CDI au CEA) : Affectée à 100% sur le projet Prostar de Mars 2013 à Septembre 2017, puis à 60% jusqu'à Avril 2018. 

3. Samuel Wieczorek (Ingénieur-Chercheur en CDI au CEA) : Affecté à 100% sur le projet Prostar depuis Mars 2013, puis à 90% depuis Janvier 2021, puis à 60% depuis Juin 2024. 

Juries & editorial activities

Editorial boards & programm commities

• BMC Bioinformatics (Associate Editor / Editorial Board Member, on-going since 2020).

• Gretsi (2022).

• Extraction et Gestion des Connaissances (2020, 2022).

• International Conference on Belief Functions (2014).

• ECCB (2012, 2024).

Reviewer for proteomics publications

• Journal of Mass Spectrometry (2024).

• Nucleic Acids Research (2022).

• Nature Methods (2020).

• Nature Biotechnology (2020).

• Analytical Chemistry (2020, 2021).

• Proteomes (2019).

• Nature Communications (2019, 2020, 2021, 2022, 2023).

• Expert Reviews of Proteomics (2018).

• HUPO Proteomics Standards Initiative (2017).

• Proteomics (2015, 2018, 2019, 2020, 2021, 2023). 

• Journal of Proteome Research (2015, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023). 

• Amino Acids (2013). 

• Molecular and Cellular Proteomics (2012).

Reviewer for bioinformatics / biostatistics publications

• Biostatistics (2023).

• Chemometrics and Intelligent Laboratory Systems (2022).

• Bioinformatics Advances (2021, 2022, 2023).

• Artificial Intelligence In Medicine (2021).

• Patterns (2020).

• Computational and Structural Biotechnology Journal (2020).

• Bioinformatics (2018, 2019, 2020, 2021, 2022).

• Scientific Reports (2017, 2018, 2019).

• Plos One (2015). 

Reviewer for artificial intelligence publications

• Fuzzy Sets and Systems (2017).

• Expert Systems with Applications (2017, 2018).

• Sensors (2016, 2018).

• International Journal of Pattern Recognition and Artificial Intelligence (2015).

• Soft Computing (2015).

• Annals of Mathematics and Artificial Intelligence (2014).

• Information Sciences (2014, 2015, 2016, 2017, 2020, 2022).

• IEEE Journal of Selected Topics in Applied Earth Observations and Remote Sensing (2014).

• International Journal of Uncertainty, Fuzziness and Knowledge-based Systems (2013, 2019).

• Journal of Knowledge-Based Systems (2012, 2013).

• IEEE transactions on Fuzzy Systems (2012, 2014).

• Pattern Analysis and Applications (2011, 2012).

• Information Fusion (2010).

• International Journal of Approximate Reasoning (2009, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020).

• IEEE transactions on Circuits and Systems for Video Technologies (2008).

• International Journal of Image and Video Processing (2007).

• Journal of Language Resources and Evaluation (2007).

• International Symposium on circuits and system, may 2007, New Orleans, USA (2007).

Juries and follow-up meetings

• Florian Privé (2016-2019): CSI member (advisers: Michael Blum & Hugues Aschard).

• Kevin Cayes (11/12/2017): "Examinateur" (adviser: Olivier François).

•  Basile Jumentier (2018-2021): CSI member (advisers: Olivier François & Johanna Lepeule).

• Marie Chion (16/12/2021): "Rapporteur" (advisers: Frédéric Bertrand & Christine Carapito).

• Meriem Mekedem (18/01/2022): "Examinateur" (advisers: Jacques Colinge & Patrice Ravel).

• Camille Roquencourt (25/03/2022): "Rapporteur" (advisers: Etienne Thévenot & Stanislas Grassin Delyle).

• Clémence Bolut (2020-2023): CSI member (advisers: David Simoncini & Louis Casteilla).

• Albane Lysiak (06/12/2022): "Président de jury" (advisers: Dominique Tessier, Géraldine Jean & Guillaume Fertin)

• Etienne Thevenot (06/07/2023): "Rapporteur" (Habilitation à diriger des recherches)

• Elfried Salanon (2022-2025): CSI member (advisers: Estelle Pujos-Guillot , Julien Boccard  & Blandine Comte)

Misc.

• Expertise for ANR grants (2014, 2016).

• Recruitment juries (2017 et 2018) for the Junior Chair in Data Sciences for Life Sciences (IDEX Univ. Grenoble Alpes).

• AAP (2017, 2018) WP2 du Grenoble Alpes Data Science Institute.

• AAP IDEX UGA IRS (Initiative de Recherche Scientifique): 2019, 2020 

• Sanofi iTech Awards 2020 Joint Steering Commitee member.

• AAP IDEX UGA IRGA (Initiative de Recherche Grenoble Alpes): 2021, 2023 

Vie scientifique

Animation de rencontres, mandat de représentation 

• Prospectom 2012 - 29 et 30 Novembre 2012 - http://prospectom.liglab.fr/ (Comité de pilotage, comité d'organisation et comité scientifique)

• IPMU 2014 - http://www.ipmu2014.univ-montp2.fr/index.html
  Organisation de la session speciale Uncertainty Management in Machine Learning
  http://www.ipmu2014.univ-montp2.fr/pages/sessions/MachineLearning.pdf

• Prospectom 2014 - 19, 20 et 21 Novembre 2014 - http://prospectom.liglab.fr/ (Comité de pilotage, comité d'organisation et comité scientifique)

• Représentant du collège "chercheur" (mandature 2018-2020) au conseil de laboratoire de BGE et au conseil d'institut de BIG

• Représentant de BIG au conseil de direction de la DRF (mandature 2018-2020)

• Implication dans l'Ecole Doctorale Ingénierie pour la Santé, la Cognition et l' Environnement (EDISCE)

  • Membre du comité HDR depuis 2021

  • Membre du Conseil de l'EDISCE depuis 2022

  • Président du comité HDR depuis 2023 

Séminaires / Conférences invités

1. Ce qu’il faut savoir sur l’I.A. en 2024 quand on est chercheur en protéomique (Ecole Thématique du CNRS, Sète, 2024)

2. A new take on missing value imputation for bottom-up label-free LC-MS/MS proteomics (JC-FPS, Paris, 2024)

3. A new take on missing value imputation for bottom-up label-free LC-MS/MS proteomics (Eubic-MS winter school, Winterberg, 2024)

4. Well Plate Maker: un petit outil bien commode pour la multi-omique clinique  (Séminaires Biopuces, INRAE, 2022)

5. Apport de la transcriptomique pour l’imputation et l’identification en protéomique (Séminaires CEA sur l'intégration multimodales, visioconférence, 2022)

6. Describing mismatches or challenging targets? Overcoming a two-decade-old statu quo about the role of decoy sequences (Next-Generation Protein Analysis and Detection, 4th edition , Ghent, Belgium, 2022) [Replay]

7. Compressive learning from mass spectrometry based proteomics data: Results and open problems (MIAI meetings, Grenoble, 2021)

8. Up-leveling hypothesis testing with big data (séminaires BioSanté, Grenoble, 2021)

9. Computational methods for Mass spectrometry based omics data (Symer meetings, Grenoble, 2021)

10. Analyse statistique de données de protéomique et de métabolomique quantitative (3ième Journée Intégrative de Protéomique et Métabolomique, Lyon, 2020)

11. Evolution de Prostar et traitement de données au niveau peptidique (LSMBO, Strasbourg, 2020)

12. Les 5 étapes essentielles du contrôle du FDR pour l'analyse différentielle en protéomique (LSMBO, Strasbourg, 2019)

13. A short tour of our researches in biostatistics thriving from Prostar (CompOmics research group, Ghent University, 2019)

14. PEPA test: fast and powerful differential analysis from relative quantitative proteomics data using shared peptides (Workshop ATLAS : machine learning and statistics for medical data, Grenoble, 2018)

15. PEPA test: fast and powerful differential analysis from relative quantitative proteomics data using shared peptides (Séminaire d'équipe TimC-BCM, 2018)

16. Petite introduction à la science des données (CHU Grenoble-Alpes, 2018)

17. Prendre soin de son data scientist, jour après jour (Séminaire BEeSy, Bivier, 2017)

18. Computational -omics needs alternative uncertainty representations (WUML/WPMSIIP, Compiègne, 2017)

19. Are weakly-calibrated and imprecise p-values sufficient in a big data context? (WUML/WPMSIIP, Compiègne, 2017)

20. Sparse and geometry aware matrix factorization: application to mass spectrometry based proteomics (GIPSA-Lab, Grenoble, 2016)

21. Open problems in computational proteomics in the UML language (Workshop on Uncertainty in Machine Learning, 2015)

22. Traitement statistique des données de protéomique quantitative label-free (journée scientifique SFSM-SFEAP, Paris, 2014)

23. From clustering to efficient and sparse nonnegative matrix factorization (Tim-C, Grenoble, 2014)

24. Processing, analyzing and exploring high-throughput proteomics data (Grenoble Inderdisciplinary Days, 2013)

25. Introduction to machine learning, Organelle Proteomics Data Analysis Workshop (Cambridge Center for Proteomics, UK, 2012)

26. PerTurbo: A new classification algorithm based on the spectrum perturbations of the Laplace-Beltrami operator (LJK, Grenoble, 2012)

27. PerTurbo: A new classification algorithm based on the spectrum perturbations of the Laplace-Beltrami operator (LIG, Grenoble, 2012)

28. Apprentissage statistique en contexte de forte incertitude - Application à l'inférence de protéines (CEA/iRTSV/BGE, Grenoble, 2011)

29. Théorie de Dempster-Shafer et apprentissage semi-supervisé ou actif (Orange-Labs, Meylan, 2010)

30. Théorie de Dempster-Shafer et apprentissage semi-supervisé ou actif (LIG, Grenoble, 2010)

31. De l'intérêt de la théorie de Dempster-Shafer pour l'apprentissage automatique probabiliste (LIG, Grenoble, 2010)

32. La reconnaissance de langages gestuels et la gestion de leur imprécision naturelle (LITIS, Rouen, 2009)

33. Reconnaissance de gestes pour malentendants (Séminaires de candidature de MCF, 2008)

34. Reconnaissance automatique de systèmes gestuels pour malentendants (Tim-C, Grenoble, 2007)

35. French Cued Speech recognition (Bogaziçi University/Machine Perception Lab, Istanbul, 2006)

Vulgarisation scientifique

1. Conférencier de l'édition 2023 "Scientifique, toi aussi !" (conférences scientifiques pour lycéens), "L’intelligence artificielle et ses applications à la santé. "

2. Diffusion de la conférence Midi-minatec "Les trois visages du mensonge en statistique: Le Bateleur, le chasseur-cueilleur et le chercheur" sur Radio Eiffel (le 27/03/2021 à 10h).

3. Conférence Midi-minatec, "Les trois visages du mensonge en statistique: Le Bateleur, le chasseur-cueilleur et le chercheur" (2021) [Enregistrement YouTube]

4. Intervention sur l'intelligence artificielle en médecine auprès du Groupe Artistique d’Exploration Scientifique (2020)

5. Interview pour le Journal Minanews, "La protéomique face aux risques du p-value hacking" (2019)

6. Film promotionnel de la protéomique au CEA (2014)

7. "De France Telecom R&D vers la recherche académique", Journée des doctorants de Orange Lab, Issy-les-Moulineaux, 2013)

Participation à des projets financés

La liste des projets sur lesquels je suis intervenu est donnée ci-dessous. A part pour les bourses de thèse (dont le montant avoisine les 110k€), les montants financiers sont indiqués pour tous les projets pour lesquels je suis ou j'ai été décisionnaire en matière de dépenses (porteur, co-porteur ou responsable de work-package par exemple). En cumulé, cela représente un peu plus de 1 520 k€.

En protéomique

• Action multi-omique du projet CDP Symer (2017-2021, cf. ci-dessous): 80k€ ayant permis le recrutement d'Enora Fremy (CDD IE en bioinformatique) et le prolongement du contrat de thèse d'Olga.

• Bourse de thèse IRTELIS (financement CEA du contrat d'Olga Permiakova, 2016-2019): Scalable computational methods for big proteomics data: application to demultiplexing of mass spectrometry signals.

• Prospectom (2012-2015, 80k€) est un projet naît de l'appel à manifestations d'intérêt MASTODONS de la Mission Interdisciplinaire du CNRS, dont l'objectif est de fournir des méthodes de fouilles de données adaptées aux grands volumes de spectres produits dans les études protéomiques. Ce projet a donné lieu à l'atelier du même nom en novembre 2012 et 2014 (http://prospectom.liglab.fr/) et a permis le financement des stages de Khawla, Sang et Hatem.

• Participation à divers projets d'envergure, impliquant tout le laboratoire, et dont je ne suis pas porteur:

  • Prime-XS (2011-2015), Joint Research Action \# 1 ``Bioinformatics enabling high-throughput proteomics''

  • ProFI (Proteomics French Infrastructure 2012-2024)

  • Labex GRAL (2011-2028)

  • Idex UGA (2017-2021): Cross Disciplinary Program Life (bourse de thèse d'Hélène Borges), Cross Disciplinary Program Symer (membre du comité de pilotage).

• Participations mineures à de nombreux projets de protéomiques, financés par l'ANR, et impliquant une phase de biostatistique (tels que par exemples ChloroPro (2011-2015), qui a finançé le post-doctorat de Cosmin Lazar, et RNAGermSilence (2014-2017),  qui a finançé celui de Quentin Giai Gianetto).

En science des données

• Projet IRGA 2024 (Pack IA):  Conformal proteomes, 120k€.

• Financement "Junior Chair" de 135k€ du Data Institute (Data@UGA) pour le post-doctorat de Laura Fancello (2019-2022).

• Artificial Intelligence for high-throughput biomedical investigations (2019-2024, 479k€): Chaire du programme national en intelligence artificielle (3IA), co-portée avec Julien Thevenon (CHU Grenoble). Ce projet a notamment financé les contrats doctoraux de Lucas Etourneau et d'Alicia Lionneton.

• Uncertainty in Machine Learning cooperation network (UML-Net) supervisé par Sébastien Destercke (2015-2017).

• Coordination élargie de l'équipe-action Khronos (2013-2017) du labex Persyval, supervisé par Zaid Harchaoui et Massih-Reza Amini.

• Action auprès du GdR MaDICS: Apprentissage, opTimisation à Large-échelle et cAlcul diStribué (ATLAS), coordonnée par Massih-Reza Amini et Marianne Clausel/Emilie Devijver (débuté en 2016-2020).

Divers (antérieurs à  2015)

• DyDom (2012-2015) est un projet cofinancé par le CG56 et l'entreprise VITY, traitant de l'optimisation de la consommation énergétique en domotique. Il s'agit du cadre des travaux de thèse de Valère Alibert.

• ASIM est un projet ANR e-santé courant sur 18 mois (2012-2013, 90k€) en collaborations avec les PME VITY et KAPTALIA. Il fait suite aux travaux de Willy Allègre.

• Un contrat supporté par OSEO (115 k€ pour les années universitaires 2010-2012) entre la société éditrice de solutions logicielles MGDIS et l'UBS a permis entre autre de financer les travaux post-doctoraux de Wilfried Despagne, de juillet 2010 à fin 2011, sur la mise en correspondance d'ontologies pour les métadonnées statistiques.

• Rev-TV (2010-2013) est un projet FUI s'intéressant au développement d'émissions de télévision interactives. Il est le cadre des travaux du stage et du CDD de Mohamed Ikbel Boulabiar, ainsi que du post-doctorat de Mathieu Simonet.

• IntelHome (Bourse région de 2009 à 2012), cadre des travaux de thèse de Willy Allègre.

• TELMA (Télephonie à l'usage des malentendants, Projet RNTS de 2006 à 2009) a été posé suite au commencement de mon travail de thèse au sein des Orange Labs.

• SIMILAR (2004 - 2007) est un European Network Of Excellence concernant les interfaces hommes-machines multimodales. J'y ai participé au titre de mon travail de thèse, et il fut le cadre de l'échange et de la collaboration avec l'Université Boğaziçi d'Istanbul.