2025

• 指導建國中學專題生吳承翰、黃裕宸、吳奎縉獲第六十五屆全國科展 物理組 佳作

• 指導建國中學專題生吳承翰、黃裕宸、吳奎縉獲臺北市第58屆科學展覽會 特優獎

2024

• 吳旻憲教授與邱志勇醫師團隊獲第二十一屆國家新創獎-臨床新創獎

• 吳旻憲教授獲選終身科學影響力排行榜(1960~2023)及2023年度科學影響力排行榜之全球2％頂尖科學家

• 吳旻憲教授獲 「長庚大學傑出優良教師-技合獎」 (累積三次以上優良教師-技合獎)

• 吳旻憲教授獲「長庚大學112學年度優良教師-技合獎」

2023

• 吳旻憲教授獲選終身科學影響力排行榜(1960~2022)及2022年度科學影響力排行榜之全球2％頂尖科學家

• 指導學生吳艾芸赴日本札幌參加Biomaterials International 2023國際學術研討會，並發表論文 APPLICATION OF A LIGHT IMAGE ARRAY IN AN OPTICALLY INDUCED DIELECTROPHORESIS(ODEP) MICROFLUIDIC SYSTEM FOR SIZEBASED MICROPARTICLE SORTING AND SEPARATION，獲得最佳海報獎。

2022

• 吳旻憲教授獲選終身科學影響力排行榜之全球2％頂尖科學家 (World's Top 2% Scientists)

• 吳旻憲教授實驗團隊獲「2022 台灣創新技術博覽會 發明競賽-金牌獎」

• 吳旻憲教授獲「長庚大學傑出優良教師-研究獎」 (累積三次以上優良教師-研究獎)

• 吳旻憲教授獲「長庚大學111學年度優良教師-研究獎」 

• 吳旻憲教授獲110 年科技部傑出研究獎

2021

• 吳旻憲教授獲選終身科學影響力排行榜(1960~2020)及2020年度科學影響力排行榜之全球2％頂尖科學家

• 吳旻憲教授實驗團隊獲「2021台灣創新技術博覽會 發明競賽-金牌獎」

• 吳旻憲教授獲「長庚大學110學年度優良教師-技合獎」 

2020

• 吳旻憲教授率領實驗團隊研發之「擦即測─衛生紙式糞便潛血試紙」獲第十七屆國家新創獎-新創精進獎 

• 吳旻憲教授攜實驗團隊王信堯醫師、陳志祐博士獲「2020台灣創新技術博覽會 發明競賽-銀牌獎」

• 吳旻憲教授獲「長庚大學109學年度優良教師-技合獎」 

2019

• 吳旻憲教授率領實驗團隊研發之「擦即測─衛生紙式糞便潛血試紙」獲第十六屆國家新創獎-新創精進獎 

• 吳旻憲教授獲「長庚大學108學年度優良教師-研究獎」 

• 吳旻憲教授獲科技部 107 年度 傑出技轉貢獻獎 

• 吳旻憲教授獲選英國皇家化學會會士（Fellow of Royal Society of Chemistry； FRSC) 

2018

• 吳旻憲教授率領實驗團隊研發之「用於高純度分離極微量標的細胞之光電微流體系統」獲第十五屆國家新創獎- 學研新創獎 

• 吳旻憲教授獲「長庚大學107學年度優良教師-技合獎」

2017

• 吳旻憲教授率領實驗團隊研發之「擦即測─衛生紙式糞便潛血試紙」獲第十四屆國家新創獎-創新臨床應用獎暨最佳產業效益獎 

• 指導學生張竣傑獲 2017 生物醫學工程科技研討會暨科技部醫學工程學門成果發表會-壁報論文競賽 醫用電子/生醫感測組 佳作

• 吳旻憲教授入選 103-104 學年度長庚大學工學院優良教師-技合獎

• 吳旻憲教授入選 102 學年度長庚大學工學院優良教師-研究獎

• 指導學生朱柏宇獲 2017 第十屆桃園四校生命科技與工程研討會 生技工程組海報論文競賽 第二名

• 指導學生張竣傑獲 2017 第十屆桃園四校生命科技與工程研討會 生技工程組海報論文競賽 佳作

• 指導學生張峻桓獲 2017 第十屆桃園四校生命科技與工程研討會 生技工程組海報論文競賽 佳作

2016

• 指導學生朱柏宇獲 2016 國際生物分子設計競賽（Biomolecular Design Competition, BIOMOD)銀獎

• 指導學生張峻桓獲 2016 第九屆桃園四校生命科技與工程研討會 生技工程組海報論文競賽 優選

• 指導學生謝佳訓醫師獲 2016 第二十一屆台灣癌症聯合學術年會 壁報論文競賽「臨床組」 優等

2015

• 吳旻憲教授獲2015 年科技部優秀年輕學者計劃 

• 實驗團隊邱子耕、張峻桓、周文彬獲 科技部 2015 年全國大專院校微流體技術應用學生專題競賽 特優獎

• 實驗團隊邱子耕、黃菘斌、周鼎贏、李可青、吳旻憲獲 2015 年生物醫學工程科技研討會 學生口頭報告競賽 最佳論文獎

• 吳旻憲教授獲「長庚大學104年度優良教師獎-技術轉移及產學合作類」

• 指導學生邱子耕、謝佳訓獲2015第13屆台塑關係企業應用技術研討會 研發論文暨海報競賽/學校組 優良獎

• 指導學生邱子耕獲 2015 國際智慧感測技術研討會暨第20屆台灣化學感測協會研討會 口頭論文競賽 佳作

• 指導學生謝易錚獲 2015 國際智慧感測技術研討會暨第20屆台灣化學感測協會研討會 口頭論文競賽 佳作

• 指導學生李可青獲 2015 國際智慧感測技術研討會暨第20屆台灣化學感測協會研討會 海報論文競賽 佳作

2014

• 指導學生謝易錚獲 2014 台灣化學工程學會61週年年會 生化生醫組 壁報論文競賽 佳作

• 指導學生謝易錚獲 2014 第一屆全球生物醫學工程會議(GCBME2014)暨第九屆亞太生物醫學工程會議(APCMBE 2014) 學生海報論文競賽 第三名

• 實驗團隊黃菘斌博士、劉興倫助理以及學生謝佳訓、邱子耕獲2014第12屆台塑關係企業應用技術研討會 研發創意實物獎/學校組 第二名

• 指導學生謝易錚獲 2014 第七屆桃園四校生命科技領域聯合學術研討會 生化生醫組 海報論文競賽 優勝

• 指導醫學系學生林宛瑩獲選 2014 長庚青年

2013

• 吳旻憲教授獲2013 中國科學院優秀年輕學者訪問計畫 

• 黃菘斌博士獲國科會 102 年度博士後研究人員學術著作獎

• 吳旻憲教授獲 The Taiwan-UK International Partnering Awards (2013-2015)

• 指導學生邱子耕、蔡宗霖獲 2013 生物醫學工程科技研討會學生論文競賽壁報展示組 特優獎

• 指導學生謝易錚獲 2013 生物醫學工程科技研討會學生論文競賽口頭報告組 優等獎

• 指導學生楊志亮獲 2013 全研科技論文獎 優良創意作品獎 

• 吳旻憲老師獲得「長庚大學102年度優良教師獎-研究類」

• 實驗團隊黃菘斌博士及李欣潔、李建廷獲第十一屆台塑關係企業應用技術研討會 研發創意競賽 第二名

• 指導學生李欣潔獲第六屆四校生命科技領域聯合學術研討會 生技工程組 佳作獎 

• 指導學生李欣潔錄取臺灣大學應用力學研究所博士班

• 指導學生謝佳訓醫師及共同指導學生林鴻至獲 2013 International CELLTech Conference- Best Poster Award

2012

• 指導學生陳以道獲 2012 生物醫學工程科技研討會學生論文競賽口頭報告組 特優獎

• 指導學生楊志亮及邱子耕獲 2012 生物醫學工程科技研討會學生論文競賽海報組 優等獎

• 指導醫學系學生林宛瑩獲2012 財團法人臺灣醫學發展基金會論文獎 優等獎

• 微型化細胞培養系統 MicroCulture 獲第九屆國家新創獎-學研組 

• 微型化細胞培養系統 MicroCulture 獲第十屆台塑關係企業應用技術研討會 研發創意競賽 第三名

• 微型化細胞培養系統 MicroCulture 獲經濟日報報導

• 指導學生陳以道獲第五屆四校生命科技研討會 生技工程組 佳作獎

• 指導醫學系學生王信堯獲選 2012 長庚青年

2011

• 吳旻憲教授獲2011-2012 中國科學院台灣優秀青年訪問學者計畫獎助 

• 指導醫學系學生王信堯獲2011 年財團法人健康科學文教基金會論文獎 佳作獎 

• 指導醫學系學生王信堯獲2011 年財團法人臺灣醫學發展基金會論文獎 特優獎 

• 指導學生楊雅文、陳以道獲 2011 生物醫學工程科技研討會學生論文競賽海報組 特優獎

• 指導學生陳彥銘、王信堯、楊子奇獲 2011 生物醫學工程科技研討會學生論文競賽海報組 優等獎

• 指導學生王士修、王信堯獲 2011 生物醫學工程科技研討會學生論文競賽口頭報告組 優等獎

2010

• 指導醫學系學生王信堯獲 2010-2011財團法人健康科學文教基金會獎助大專生參與研究計畫

• 指導醫學系學生王信堯獲長庚大學醫學系專題研究競賽 第一名 (2010)

• 指導學生王士修獲 2010 生物醫學工程科技研討會學生論文競賽口頭報告組 優等獎

• 指導學生王信堯獲 2010 生物醫學工程科技研討會學生論文競賽海報組 特優獎

• 指導學生陳彥銘獲 2010 生物醫學工程科技研討會學生論文競賽海報組 特優獎

2009

• 吳旻憲教授獲科技部獎勵特殊優秀人才 (2009-迄今)