手作業での領域抽出手順
投稿日: Jan 27, 2012 4:2:43 PM
対象画像の読み込み
"File->Open image (A) from Disk" で処理画像を開く
これで開ける画像は*???.dcm"のように,拡張子がdcm,ファイル番号が連続番号とてappendされているもの.
Ziosoft zioterm(無料) を使った画像の準備方法(shellスクリプトで単に名前変更でもよい)
ziotermにDICOM画像をimportしておき,処理したいシリーズをDICOM export(シリーズを選択し右クリックメニュー)で出力する
もしくは,mipavで,"File->Dicom->Dicom Browser"で開く
なお一度画像を開くと,Fileメニュー下にhistoryが現れるので,これを使うのもあり
開いた画像の例
輪郭追跡
ツールバーより"live wire VOI"を選択.cost function(輪郭を自動決定する際の最適化関数)は,なんでもよいが輪郭なので微分フィルタが好ましいと思うので,上2つより選択.どちらがよいかは画像によるため,実際に試してください.
なお輪郭を確認しやすいように,ルーペボタンで適当に大きくしておく
左クリックで輪郭上の一点を押し,マウスを動かすと自動的に輪郭抽出が行われ,赤い線がひかれる.
ただし全てを全自動で抽出するのは無理なので,よそにそれるところで,制御点を左クリックで追加する.
最後は左ボタンをダブルクリック
輪郭抽出結果の例
マスクの作成
"VOI"->"VOI conversion"->"VOI ->all to binary mask"でマスク画像が作成できる
"VOI"->"Mask conversion"->"VOI"でマスク画像をVOIに変換できる
VOI形状の最適化法の紹介
"VOI"->"smooth VOI" でスムージング
赤い線がlivewireの線.黄土色がsmooting結果
マスク画像を作成し,これを使って,"Algorithm"->"Morphological operator"で,closingなどの処理
"VOI"->"Evolve active contour"で引いた線をsnakesで最適化
etc. etc. いろいろな機能があるので,試してください.
VOIの修正
VOIをpaint画像に変換
paint画像をピクセル単位!で修正
paint画像をVOIに変換(trip parameterに気をつける.大きい値のときおおまかに線がひかれれる)
オレンジ=修正前.赤=修正後
VOIの保存
Save VOIで作成したVOIを保存する
他,気になったこと
抽出したVOIを前後のスライスにコピーすることもできるので,それを使って次処理スライスの元輪郭とすることも可能
T2画像の場合,CSF外部との濃度勾配が大きいので,livewireで輪郭が外部それやすい.levelsetでCSFを含む領域についてはmanual segmentaionできそうなので,それを基に抽出した領域内部だけの処理にすることもできそう.