手作業での領域抽出手順

投稿日: Jan 27, 2012 4:2:43 PM

1. 対象画像の読み込み

   1. "File->Open image (A) from Disk" で処理画像を開く

      1. これで開ける画像は*???.dcm"のように，拡張子がdcm，ファイル番号が連続番号とてappendされているもの．

      2. Ziosoft zioterm(無料) を使った画像の準備方法（shellスクリプトで単に名前変更でもよい）

         1. ziotermにDICOM画像をimportしておき，処理したいシリーズをDICOM export(シリーズを選択し右クリックメニュー)で出力する

      3. もしくは，mipavで，"File->Dicom->Dicom Browser"で開く

      4. なお一度画像を開くと，Fileメニュー下にhistoryが現れるので，これを使うのもあり

   2. 開いた画像の例

1. 輪郭追跡

   1. ツールバーより"live wire VOI"を選択．cost function(輪郭を自動決定する際の最適化関数)は，なんでもよいが輪郭なので微分フィルタが好ましいと思うので，上2つより選択．どちらがよいかは画像によるため，実際に試してください．

1. マスクの作成

   1. "VOI"->"VOI conversion"->"VOI ->all to binary mask"でマスク画像が作成できる

   2. "VOI"->"Mask conversion"->"VOI"でマスク画像をVOIに変換できる

2. VOI形状の最適化法の紹介

• 1. "VOI"->"smooth VOI" でスムージング

• • 1. 赤い線がlivewireの線．黄土色がsmooting結果

• 1. マスク画像を作成し，これを使って，"Algorithm"->"Morphological operator"で，closingなどの処理

  2. "VOI"->"Evolve active contour"で引いた線をsnakesで最適化

  3. etc. etc. いろいろな機能があるので，試してください．

1. VOIの修正

   1. VOIをpaint画像に変換

   2. paint画像をピクセル単位！で修正

   3. paint画像をVOIに変換（trip parameterに気をつける．大きい値のときおおまかに線がひかれれる）

• 1. オレンジ＝修正前．赤＝修正後

1. VOIの保存

   1. Save VOIで作成したVOIを保存する

2. 他，気になったこと

• 1. 抽出したVOIを前後のスライスにコピーすることもできるので，それを使って次処理スライスの元輪郭とすることも可能

  2. T2画像の場合，CSF外部との濃度勾配が大きいので，livewireで輪郭が外部それやすい．levelsetでCSFを含む領域についてはmanual segmentaionできそうなので，それを基に抽出した領域内部だけの処理にすることもできそう．