フリーソフト「R」を使った自然史情報の統計処理入門
> 2016年1月25日に行われた「第26回自然史標本情報の発信に関する研究会」の資料をもとにしています。
統計の細かい原理などについてはあえて端折ってますので、詳しくは他の情報源をあたってください。
自然史情報と銘打っていますが、生態学関連領域でよく使われる内容をカバーしてます。
Rの動かし方～GLMMあたりまでですが、初めて使う人にもわかるように作ったつもりです。
※個人的な範囲での利用（研究室内レベルくらいまでなら）は自由です。
※再配布等を行う場合には事後でも連絡いただけると（そして間違いを指摘していただけると）助かります。
※内容は適宜修正が入る可能性がありますので、ご了承ください。
・data_combined.zipに演習用全データ入ってます（SJIS形式なので、非Win環境で文字化けするかも）
第0部：Rの導入と基礎 ＞chapter_0.pdf
第1部：データフレームと作図の基礎 ＞chapter_1.pdf
第2部：検定の基本 ＞chapter_2.pdf
第3部：一般線形モデルと交互作用 ＞chapter_3.pdf
第4部：一般化線形モデルとモデル選択 ＞chapter_4.pdf
第5部：一般化線形混合モデル ＞chapter_5.pdf
( 第6部：多変量解析（主成分分析のみ） ＞chapter_6.pdf ※内容が少ないので参考程度に）
（参考）リンク
M+とIPAの合成フォント：ここのMigu 1Mをスクリプト（やRコンソールの表示）で使ってます。半濁点みやすい。
（参考）統計の本など
とりあえず手元にある（あった）ものの一部紹介。ちょっと古いのも。
生物学の考える技術―発想のポイントと基礎テクニック（ブルーバックス） [amazonで見る]
統計の教科書ではないが、仮説設定・データ解析・結果の表現といった実験生物学の基本的な考え方について学ぶ入門書として。統計の部分は若干古いかも。訳書。（絶版？）
生物学を学ぶ人のための統計のはなし―きみにも出せる有意差 （文一総合出版） [amazonで見る]
統計のあまり得意でない初学者向けの入門書。著者は行動生態学者。
一般線形モデルによる生物科学のための現代統計学―あなたの実験をどのように解析するか （共立出版） [amazonで見る]
一般線形モデルまでに関して、あまり数式を用いず解説。練習問題（データはダウンロード）なんかもついていて学習に便利。訳書。
統計学: Rを用いた入門書 （共立出版） [amazonで見る]
Rの使い方と統計的な背景の両方が書かれている。一般化線形モデルあたりまでをカバー。著者は植物生態学者。訳書。
Extending the Linear Model with R: Generalized Linear, Mixed Effects and Nonparametric Regression Models（Chapman & Hall/CRC） [amazonで見る]
一般化線形モデルから一般化線形混合モデルあたりをカバー。lmerを用いた解析事例が豊富。
Experimental Design and Data Analysis for Biologists（Cambridge） [amazonで見る]
統計の基礎の部分から一般化線形混合モデルあたりまでを網羅的にカバー。数学的な部分も詳しく書かれている。
Bayesian Methods for Ecology（Cambridge） [amazonで見る]
WinBUGSを用いたMCMC法によるベイズ統計の入門書。共立出版より訳本あり。
Numerical Ecology with R（Springer） [amazonで見る]
生物群集データなどの多変量解析に関しての、Rを用いた解説書。
（参考）レジュメ中では紹介していないが使っているパッケージなど（Rに慣れたユーザー向け？）
tidyverse：データの整理や前処理（dplyr, tidyr）、可視化（ggplot2）などの強力なパッケージ群
shiny：Rベースのwebアプリ開発パッケージ
leaflet：web地図作成のパッケージ。shinyとの相性も良い
rgdal, rgeos：シェープファイルなどGISデータの読み込み、空間処理を扱うパッケージ
sf：GISデータをデータフレームと同じ感覚（dplyrの関数群が使える）で扱うパッケージ
runjags：RからJAGS（MCMC計算）を動かすためのパッケージ