ストーリーモード開始時に「イージーモード」と「ノーマルモード」を選ぶことができる。（条件を満たすとハードモードが選択できるようになる）
本作ではあらかじめブルースをプレイヤーとして選ぶことができる。（前作ではダウンロードによる追加コンテンツでのみ使用可能だった）
ロックマンとブルースでは能力やSHOPの内容、ストーリー等が異なる。
特定の条件やステージをクリアしていくチャレンジモードが追加された。
タイムアタックモードにリプレイ機能が追加され、自分自身や、ランキング上位登録者のプレイをリプレイすることができる。
L1、R1で武器を切り替えることができるようになった。
前作ではオプションにより、ファミコンと同じようなキャラクターを同時表示させたときにちらつきが発生する「レガシーモード」を設定できたが、本作では廃止された。