Enseignement-IMN530 / IMN708
Sommaire
Session: Automne 2023
Professeur: Emmanuelle Renauld (ref Maxime Descoteaux)
Période de cours: Mardi 13h30 - 15h20, salle D3-2032.
Mercredi 13h30 - 14h20, salle D4-2024.
Période de disponibilités: Sur demande. Écrivez-moi sur Teams.
Plan de cours: https://plandecours.dinf.usherbrooke.ca/pdc/2023-3/IMN530/0/
Notes et support de cours
Les liens seront mis à jour régulièrement, je vous recommande de ne pas tout télécharger tout de suite.
Lien vers les exemples de scripts en python: dépôt Github
Révision : (disponible à la fin de la session)
0-Intro.pdf00-Intro (m-à-j: 23.08.2023)
Intro_python.pdf00 - Intro python (m-à-j: 28.08.2023)
1-ImageQualiteDebruitage.pdf01-Image, qualité et débruitage
Partie 1 (m-à-j: 30.08.2023)
1_partie2-Debruitage.pdf01-Image, qualité et débruitage
Partie 2 (m-à-j: 06.09.2023)
2-recalage_part1_similarite.pdf02 - Recalage, features et fusion d'images - partie 1 : similarité
2-recalage_part2_transfo.pdf02 - Recalage, features et fusion d'images - partie 2: transfos
4-IRMd_part1.pdf03-Diffusion partie 1
4-IRMd_part2.pdf03-Diffusion partie 2
IRMf.pdf04 - partie 1 : IRMf
EEG.pdf04 - partie 2 : EEG
Travaux pratiques
TP0 – Installation des logiciels, rappels python, rappels mathématiques – Rien à remettre
Énoncé PDF - m-à-j: 29.08.2023
TP1 – Modalité d’imagerie médicale, bruit et débruitage
Énoncé PDF. Énoncé Word. - m-à-j: 05.09.2023
TP2 – Recalage
TP3 – Traitement et visu avancés: Fusion IRM de diffusion et fonctionnelle
Résumé des présentations d'invités
Présentations des experts invités
VolkovMicroscopie_2019.pptxdate à définir: Leonid Volkov
Max_connectomics-futur-compressed.pdfdate à définir: Maxime Descoteaux, Connectomics
date à définir: Maggie Roy, PET scans
date à définir : Sami Obaid
date à définir: Anne-Marie Beaudoin
Bocti_cours_2018.pdfdate à définir: Dr Christian Bocti
Sites Web et liens vers d’autres cours en traitement d’images et imagerie médicale
Préalables au cours:
IFT 211: Programmation scientifique en python (repo Github du Pr. François Rheault)
IMN359: Outils Mathématiques du Traitement d’Images (Pr Maxime Descoteaux, Université de Sherbrooke)
Autres sources pertinentes:
Documentation du labo SCIL: plusieurs descriptions de programmes, intro à Linux, python, git, etc.
Numerical Tour of Signal Processing (Garbiel Peyré, Université Dauphine, France): Intro à python, R, imagerie médicale
IMAIOS: site avec plusieurs cours sur l'IRM, comprenant des sections interactives et des vidéos d'explication animée.
Outils mathématiques du traitement d'images, (Pierre Maurel, Rennes, France)
Pages d'introduction du NIH à plusieurs sujets, comme les rayons X, CT-scans, IRM, Ultrasons
Cours sur la morphologie mathématique (détection des formes et structures dans une image) (Olivier Coulon, Marseille, France)
Intro à Latex (note. Optionel. Les devoirs de ce cours n'ont pas à être remis sous format Latex.)
Modalités d'imagerie et méthodes de reconstruction (IMN530 version 2020, Maxime Descoteaux)
m.à.j: 28 août 2023.
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PS. Pages maintenant inaccessibles. Mise à jour à venir:
Segmentation, classification et détection + Démo segmentation 2013 (IMN530 version 2013, Maxime Descoteaux)
Liens vers les outils de visu et autres programmes
MI-Brain: Viewer de la compagnie IMEKA pour la tractographie et neuroimagerie.
Fiji / ImageJ (Viewer + toolbox pour l’imagerie médicale)
scikit-image (Librairie python pour l’analyse d’images)
ANTS registration (le PDF de documentation est super!)
m.à.j: 28 août 2023.