Enseignement-IMN530 / IMN708

Sommaire

Session:     Automne 2023

Professeur:  Emmanuelle Renauld (ref Maxime Descoteaux)

Période de cours:  Mardi       13h30 - 15h20, salle D3-2032.

                                  Mercredi  13h30 - 14h20, salle D4-2024.

Période de disponibilités: Sur demande. Écrivez-moi sur Teams.

Plan de cours:  https://plandecours.dinf.usherbrooke.ca/pdc/2023-3/IMN530/0/

TP0 – Installation des logiciels, rappels python, rappels mathématiques – Rien à remettre

Énoncé PDF  - m-à-j: 29.08.2023

Exemples python

Data

TP1 – Modalité d’imagerie médicale, bruit et débruitage

Énoncé PDF.  Énoncé Word. - m-à-j: 05.09.2023

Data

TP2 – Recalage

Énoncé PDF

Data

TP3 – Traitement et visu avancés: Fusion IRM de diffusion et fonctionnelle

Énoncé PDF

Feuille d'aide

Exemple de script: loader les données, loader la table des gradients / b-values

Exemple de script: enregistrer les streamlines

Data

Résumé des présentations d'invités

Énoncé PDF

Préalables au cours:

• IFT 211: Programmation scientifique en python (repo Github du Pr. François Rheault)

• IMN359: Outils Mathématiques du Traitement d’Images (Pr Maxime Descoteaux, Université de Sherbrooke)

Autres sources pertinentes:

• Documentation du labo SCIL: plusieurs descriptions de programmes, intro à Linux, python, git, etc.

• Numerical Tour of Signal Processing (Garbiel Peyré, Université Dauphine, France): Intro à python, R, imagerie médicale

• IMAIOS: site avec plusieurs cours sur l'IRM, comprenant des sections interactives et des vidéos d'explication animée.

• Outils mathématiques du traitement d'images, (Pierre Maurel, Rennes, France)

• Pages d'introduction du NIH à plusieurs sujets, comme les rayons X, CT-scans, IRM, Ultrasons

• Cours sur la morphologie mathématique  (détection des formes et structures dans une image) (Olivier Coulon, Marseille, France)

• Intro à Latex (note. Optionel. Les devoirs de ce cours n'ont pas à être remis sous format Latex.)

• Modalités d'imagerie et méthodes de reconstruction (IMN530 version 2020, Maxime Descoteaux)

m.à.j: 28 août 2023.

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PS. Pages maintenant inaccessibles. Mise à jour à venir: 

• Segmentation, classification et détection + Démo segmentation 2013 (IMN530 version 2013, Maxime Descoteaux)

• GraphCut, SpectralClustering

• MI-Brain: Viewer de la compagnie IMEKA pour la tractographie et neuroimagerie.

• Fiji / ImageJ (Viewer + toolbox pour l’imagerie médicale)

• scikit-image (Librairie python pour l’analyse d’images)

• ANTS registration (le PDF de documentation est super!)

m.à.j: 28 août 2023.